آیت‌الله سیدمصطفی خمینی عالمی انقلابی كه با تأثیرپذیری از شخصیت امام خمینی(ره) به مبارزه با ظلم و ستم رژیم پهلوی پرداخت و زندان و تبعید هرگز بر اراده پولادین او خللی وارد نساخت و شهادتش همچون شعله‌ای فروزان، حیات تازه‌ای را به نهضت اسلامی بخشید.
سیدمصطفی نخستین فرزند امام خمینی(ره) در ۳۰ آذرماه ۱۳۰۹ شمسی در قم متولد شد. او دوران ابتدایی را در مدارس قم سپری کرد و از نوجوانی به تحصیل علوم دینی پرداخت. وی در دامان مادر گرامی‌اش خانم ثقفی پرورش یافت و نامش را محمد، لقبش مصطفی و کنیه‌اش را ابوالحسن گذاشتند. سیدمصطفی در کودکی نسبت به دیگر کودکان دیرتر زبان گشود، تا جایی که در ۴ سالگی تنها چند کلمه به زبان می‌آورد، اما ورودش به مکتب در ۶ سالگی در این زمینه بسیار مؤثر بود. بعد از حضور در مکتب، در ۷ سالگی به دبستان رفت و دوران ابتدایی را در مدارس باقریه و سنایی قم سپری کرد. او در پانزده سالگی به تشویق پدر به تحصیل علوم دینی پرداخت و در این زمینه موفقیت‌های چشمگیری داشت تا جایی که در سال ۱۳۲۶ و با ۱۷ سال سن، توانست دوره مقدماتی را به پایان رساند و بعد از ۲/۵ سال به مرحله سطح وارد شده و معمم گشت. سپس در حدود ۲۲ سالگی توانست دوره سطح را پشت سر گذاشته و در درس خارج امام خمینی(ره) و آیت‌الله العظمی بروجردی حاضر شود.
او در ۲۷ سالگی به درجه اجتهاد رسید و این در حالی است که از دیدگاه اطرافیان و حتی امام(ره) با تمام سختگیری‌هایشان در این زمینه، ایشان در ۲۵ سالگی به درجه اجتهاد رسیده بود. سیدمصطفی تقریباً در ۲۵ سالگی به تدریس علوم عقلی و نقلی می‌پرداخت و تألیفات متعددی داشت؛ به طوری که بنا بر اظهارات او در یکی از گزارشات ساواک در سن ۳۳ سالگی در سال ۱۳۴۳، ۱۲ جلد کتاب را به نگارش درآورده بود. همچنین هنگام تبعید در ترکیه با وجود عدم دسترسی به مأخذ لازم ۲ جلد کتاب تألیف کرد و در دوران تبعید در نجف علاوه بر تدریس، کتب بسیاری در باب فقه، اصول، فلسفه و تفسیر تدوین کرد که همه نشان از استعداد و هوش سرشار و حافظه بالای او داشت.
سیدمصطفی در ۱۷ فروردین‌ماه سال ۱۳۳۳، در سن ۲۴ سالگی با خانم معصومه حائری، دختر آیت‌الله شیخ مرتضی حائری ازدواج کرد. حاصل این ازدواج ۴ فرزند بود. وی مبارزات خود را با آشنایی با جمعیت فداییان اسلام آغاز کرد، و از سال ۱۳۴۱ به صورت جدی وارد مبارزات شد و تا پایان عمر در کنار رهبر نهضت تمام لحظات را به مبارزه پرداخت. ساواک از او بسیار وحشت داشت و بارها در گزارشاتش آمده است که او در مبارزات پدر نقش اساسی دارد. او پس از دستگیری حضرت امام، در ۱۵ خرداد سال ۱۳۴۲ در رهبری نهضت در قم نقش مهمی ایفا کرد، تا جایی که با سخنرانی در صحن مطهر حضرت معصومه(س) در قم موجب شکل‌گیری قیام ۱۵ خرداد مردم در قم شد. با تلاش‌های او، پیگیری علما و فشار افکار عمومی، رژیم ناچار شد حبس امام(ره) را به حصر در منطقه داوودیه تبدیل کند و ۳ روز بعد امام(ره) را به قیطریه انتقال دهد، از آن پس سید مصطفی رابط امام با امت بود و مسئولیت ابلاغ اخبار و گزارشات بیرون به رهبر را بر عهده داشت. تلاش‌های وی در این راستا به آنجا رسید که رئیس وقت شهربانی کشور (سپهبد نصیری)، او را جلب کرد و هشدار داد که اگر از فعالیت‌های سیاسی دست نکشد تحت پیگرد قرار خواهد گرفت.
بعد از آزادی امام در ۱۵ فروردین ۱۳۴۳ و بازگشت به قم، ایشان همچنان همراه همیشگی امام در مبارزات علیه رژیم پهلوی بود. بعد از سخنرانی امام علیه کاپیتولاسیون در هشتم تیرماه سال ۱۳۴۳و دستگیری و تبعید ایشان به ترکیه، حاج آقا مصطفی در ۱۳ آبان‌ماه سال ۱۳۴۳ نیمه شب به پا خواست و با همراهی مردم خشمناک قم به منزل علما در قم رفت. رژیم که تجربه فعالیت‌های حاج سید مصطفی را در جریان ۱۵خرداد به یاد داشت، صبح همان روز زمانی که سید مصطفی در بیت آیت‌الله نجفی به سر می‌برد به آنجا حمله کرد و او را دستگیر و زندانی کرد. او ۵۷ روز در زندان قزل قلعه به سر برد و بیشتر در سلول انفرادی بود و به مدت ۹ روز تحت بازجویی قرار گرفت. حاج آقا مصطفی در دوران بازداشت برای جلوگیری از خلأ ناشی از نبود رهبر و بلاتکلیفی مقلدین امام(ره)، به صورت پنهانی نامه‌ای به خارج از بازداشتگاه ارسال کرد و حجت‌الاسلام شیخ شهاب‌الدین اشراقی را وکیل و نماینده خود معرفی کرد، همچنین در این مدت به علت نگرانی از سلامت امام در تبعید، تنها درخواستی که مطرح کرد رفتن نزد امام(ره) بود. ساواک نیز که به فکر دور کردن او از بود، با آزادی به شرط سفر به ترکیه موافقت کرد. او پس از بازگشت به قم و مشورت از رفتن به ترکیه منصرف شد، اما ساواک پس از آگاهی از این تصمیم با وجود تنها ۵ روز فاصله از آزادی او به منزل امام حمله کرد و ایشان را دستگیر کرده و به ترکیه تبعید کرد.
با توجه به اینکه در ترکیه ایشان از فضای مبارزه دور شده بود، فعالیت‌های علمی خود را افزایش داد و در کنار حضرت امام به تحصیل در علوم دینی پرداخت. آن زمان با توجه به شرایط بین‌المللی، دولت ترکیه از اینکه کشورش به تبعیدگاه مبارزان مسلمان تبدیل شده بود ابراز نگرانی می‌کرد، به همین جهت رژیم ایران را تحت فشار قرار داد تا امام خمینی(ره) و حاج آقا مصطفی را به مکان دیگری تبعید کند. رژیم نیز با بررسی همه جانبه، عراق را بهترین مکان برای تبعید آن دو بزرگوار دانست و در نتیجه در ۱۳ مهرماه سال ۱۳۴۴، امام خمینی(ره) و سید مصطفی را به عراق فرستاد. در طول ۱۲ سال اقامت در عراق، ایشان حلقه اتصال اجزای نهضت اسلامی در ایران و نقاط مختلف جهان، با کانون آن در نجف و همچنین مسئول ایجاد و برقراری رابطه با مبارزین در سطوح مختلف بود، که محوریت و مرکزیت این ارتباط ها با مبارزین مسلمان بود و شهید بیشتر در امور اجرایی و ارتباط و نظارت بر آنها همت می‌گماشت. او با انتشار اعلامیه‌ها و سخنرانی‌های امام به سایر کشورها به نشر اندیشه‌های ایشان می‌پرداخت و همچنین با سفرهایی به لبنان، سوریه و عربستان با مبارزین مسلمان و طرفداران ایرانی و غیر ایرانی امام(ره) ارتباط برقرار می‌کرد و به آنها رهنمودهای لازم را می‌داد و کسانی را که آمادگی داشتند به مراکز آموزش نظامی معرفی می‌کرد. حاج آقا مصطفی پس از ۴۷ سال زندگی پربرکت، سرانجام سحرگاه یکشنبه اول آبان‌ماه سال ۱۳۵۶ به‌طور ناگهانی و مرموز در منزل خود درگذشت.