موضوع اصلی اين كتاب همان‌گونه كه از نامش پيداست، اسرار شهادت حضرت سيدالشهدا(ع) است. مؤلف بزرگوار با استفاده از معلومات وسيع همراه و تجارب معنوی و عرفانی خويش به بيان عميق برخی از اسرار مصائب و شهادت امام حسين(ع) در حادثه كربلا پرداخته است.

البته نويسنده در كنار بيان برخی از اسرار شهادت، به مطالب متنوع ديگری نيز كه حاكی از تسلط وی در حديث و تفسير و مباحث عرفانی است می‌پردازد. وی اين كتاب را با اجمالی از تفسير سوره مباركه قدر و بيان تأويل آن سوره به امير مؤمنان(ع) و حضرت فاطمه زهراء(س) آغاز می‌كند سپس به شرح مقامات معنوی ائمه(ع) بويژه امام حسن(ع) و امام حسين(ع) اشاره دارد و می‌افزايد كه تمام عنايات و خيرات از ناحيه آن دو بزرگوار به اين عالم افاضه می‌شود.

وی آنگاه به بيان اسرار شهادت حضرت سيدالشهدا(ع) و مصائب آن حضرت(ع) در كربلا می‌پردازد. در ادامه اين بخش رساله‌ای در كيفيت قرائت زيارت عاشورا كه گويا بطور مستقل نوشته شده بود، جای دارد.

مرحوم حاجی اشرفی در قسمت ديگری از اين اثر، مطالب گوناگونی را در ۱۳ فصل كه بی‌ارتباط با اسرار شهادت نيست متذكر می‌شود. آنگاه بحثی را درباره نماز و فضائل آن پی می‌گيرد و در ادامه، بحثی مهم را درباره احاديث مشتبهه مطرح می‌كند و كتاب را با بيان اجمالی از اصول اعتقادات پايان می‌برد.

در رابطه با انگيزه تأليف اثر حاضر بايد گفت، ظاهرا مؤلف در نظر داشت تا مطالبی را كه به عنوان اسرار حادثه عاشورا بيان می‌كرد، جمع‌آوری كرده و به صورت كتابی به چاپ برساند كه در زمان حياتش موفق به نشر آن نشده است، گرچه قسمتی از آن مطالب در كتاب «شعائر الاسلام» آمده و در زمان ايشان به چاپ رسيده است.

كتاب «اسرارالشهادة» نوشته آيت‌الله ملامحمد اشرفی و تحقيق و تعليق عبدالكريم كوهستانی به تازگی ۱۶ بهمن‌ماه سال جاری به همت انتشارات واريان به شمارگان ۱۰۰۰ نسخه در قطع رقعی (شوميز) در ۲۶۴ صفحه و به بهای ۲۵۰۰۰ ريال منتشر شده است.