اهالى مكه پس از درگذشت حضرت خديجه، همسر پيامبر(ص) و درگذشت حضرت ابوطالب)ع(، عموى آن حضرت، بر دشمنى خويش افزودند و حتى قصد جان پيامبر(ص) را نمودند. از سوى ديگر تعدادى از اهالى يثرب در همان سال‏هاى غربت و تنهايى پيامبر(ص) در ايّام حجّ با وى و اهداف بلند دينش آشنا شده و پس از بازگشت به يثرب، به تبليغ آن پرداختند. مردم يثرب، رفته رفته به اسلام علاقه نشان داده و در مراسم سال بعد، تعداد زيادترى به نزد رسول خدا)ص) رسيدند و به دست مبارك وى، مسلمان شده و با آن حضرت پيمان بستند. امّا در مراسم حجّ سال سيزدهم بعثت، گروهى از حاجيان يثربى كه تعدادشان هفتاد و سه مرد و زن بود، در اواسط ايام تشريق و در محل عقبه در سرزمين "منى"، ايمان آورده و با آن حضرت پيمان بستند، تا از وى و يارانش همانند خانواده و طايفه خويش پشتيبانى كنند.
پس از گذشت ايام حج و بازگشت اهالى يثرب به سرزمين خويش، مهاجرت مسلمانان مكه به سوى يثرب آغاز گرديد. آنان به دستور پيامبر(ص) به دور از چشم مشركان قريش به صورت فردى و گروهى عازم يثرب شدند.به طورى كه در مكه معظمه، جز پيامبر(ص) و تعدادى اندك از يارانش و گروهى زنان و مردان كهن سال و از كار افتاده، كسى باقى نماند. پيامبر(ص) بيش از هر زمان ديگر، در يكى دو ماه آخر اقامتش در مكه، احساس تنهايى و خطر مى‏كرد. سرانجام سران قريش در واپسين روزهاى ماه صفر، تصميم به كشتن پيامبر(ص) گرفتند.
آنان در " دارالنّدوه " كه مجلس شوراى اعيان و اشراف آنان بود، جلسه‏اى برگزار كرده و پس از تبادل نظر و گفتگوهاى زياد، به كشتن پيامبر(ص) از سوى نمايندگان تمام طوايف قريش رأى دادند و شب اوّل ربيع الاوّل را براى اين كار برگزيدند.
شب موعود فرا رسيد، پيامبر(ص) براى فريب مشركان، حضرت علي(ع) را به جاى خويش در بسترش خوابانيد و خود، از خانه خارج و به همراه ابوبكر از مكه گريخت و در غار "ثور" كه در جنوب مكه و در نقطه مقابل مدينه قرار داشت، پناه گرفت.
مشركان، پس از هجوم به خانه پيامبر(ص) و مشاهده امام على بن ابى طالب(ع) در رختخواب آن حضرت، خشمناكتر شده و به تعقيب آن حضرت پرداختند و براى پيدا كردن وى، صد شتر جايزه تعيين نمودند ولى هرچه تلاش كردند، به وى دست نيافتند.
آن حضرت پس از سه شب پنهان ماندن در غار ثور، در شب چهارم ربيع الاول به سوى مدينه هجرت كرد و در دوازدهم همين ماه وارد مدينه شد و مورد استقبال باشكوه اهالى مدينه قرار گرفت.
امام زين العابدين(ع) فرمود: هنگامى كه پيامبر(ص) از مكه به قبا آمد، ابوبكر همراه وى بود. پيامبر(ص) در قبا به انتظار على(ع) نشست. ابوبكر به پيامبر(ص) گفت: برخيز با هم به مدينه برويم. زيرا اهالى آن از ديدن تو خوشحال مى‏شوند. آنان منتظر ورود تو به اين شهرند. پس به سوى آنان رويم و در اينجا به انتظار على(ع) توقف مكن. زيرا گمان نمى‏كنم كه علي(ع) تا يك ماه ديگر به تو رسد. پيامبر(ص) در پاسخش فرمود: هرگز از جايم حركت نمى‏كنم تا پسر عمو و برادرم در نزد پروردگار متعال و دوستداشتنى‏ترين فرد خاندانم، همان كسى كه با در خطر گذاشتن جانش مرا از دست مشركان رهايى داد، به من بپيوندد.
امام زين العابدين(ع) فرمود: در اين هنگام، ابوبكر به خشم آمد و ناراحت گرديد و حسادت علي(ع) بر وى عارض گرديد و اين نخستين دشمنى وى نسبت به رسول خدا(ص) درباره علي(ع) بود و نخستين سرپيچى وى از فرمان رسول خدا(ص).
ابوبكر هنگامى كه اصرار پيامبر(ص) را در باقى ماندن در محله قبا تا رسيدن حضرت علي(ع) را مشاهده كرد، از پيامبر(ص) جدا گرديد و خود به سوى مدينه رفت و پيامبر(ص) در آنجا توقف كرد تا حضرت علي(ع) به همراه ساير خاندان نبوى، از جمله حضرت فاطمه زهرا(س) به او پيوستند و به اتفاق هم به سوى مدينه حركت نمودند.
از اين حديث شريف و احاديث ديگر به دست مى‏آيد كه هجرت پيامبر(ص) از مكه معظمه، از شب پنجشنبه، نخستين شب ربيع الاول آغاز گرديد و پس از سه شب پنهان ماندن در غار ثور، در شب چهارم ربيع الاول به سوى يثرب حركت كردند و در روز دوشنبه، دوازدهم همين ماه به روستاى قبا، كه در دو فرسنگى يثرب قرار داشت وارد شدند و پس از چند روز توقف در اين محل ( و به روايت امام زين العابدين(ع) به مدت ده روز توقف در قبا ) و با رسيدن حضرت على(ع)، در روز جمعه 23 ربيع الاول وارد شهر يثرب گرديد و اين شهر از آن پس، به مدينة الرّسول(ص) شهرت يافت.
ولى برخى از مورخان اهل سنّت، ورود حضرت علي(ع) را پانزدهم ربيع‏الاوّل ذكر كرده‏اند.
در كتاب " الاستيعاب فى معرفة الاصحاب " آمده است: قدم آخر الناس فى الهجرة الى المدينة علىّ و صهيب، و ذلك للنصف من ربيع الاوّل، و رسول اللّه(ص) بقباء لم يرم بعد؛ علي(ع) و صهيب، آخرين كسانى بودند كه به سوى مدينه هجرت كردند. ورود آنان، مصادف بود با نيمه ماه ربيع الاوّل و در آن هنگام رسول خدا(ص) هنوز در " قبا " بود و به طرف مدينه حركت نكرده بود.