در پی اهمال، تعلل و نقض برجام توسط آمریکا و پیرو تصمیمات شورای عالی امنیت ملی و هیات نظارت بر برجام، رییس جمهوری دستورهای جداگانه ای را خطاب به وزیر امور خارجه و رییس سازمان انرژی اتمی صادر کرد.
متن نامه های جداگانه حجت‌الاسلام والمسلمین دکتر حسن روحانی به دکتر محمد جواد ظریف و دکتر علی اکبر صالحی به این شرح است:‏
بسم الله الرحمن الرحیم
جناب آقای دکتر ظریف
وزیر محترم امور خارجه
نظر به این‌که دولت آمریکا نسبت به اجرای تعهدات خود در برجام تاکنون تعلّل و اهمال نموده و با توجه به ‏تمدید اخیر قانون تحریم‌های ایران (آیسا) ‌که جمهوری اسلامی ایران از پیش چنین اقدامی را بعنوان نقض ‏برجام اعلام کرده بود، در اجرای مصوبات شورایعالی امنیت ملی و هیأت نظارت بر اجرای برجام، به وزارت ‏امور خارجه دستور داده می‌شود نسبت به اجرای مراحل پیش‌بینی شده در «برجام» برای رسیدگی به موارد ‏نقض، اقدام نموده و دیگر پیگیری‌های حقوقی و بین‌المللی لازم را نیز به‌طور جدّی معمول دارد.‏
مقتضی است گزارش اقدامات را ظرف یک ماه به اینجانب ارائه نمائید.‏
حسن روحانی
رییس جمهوری اسلامی ایران

* نامه رییس جمهوری
به دکتر صالحی نیز
به این شرح است:‏
بسم الله الرحمن الرحیم
جناب آقای دکتر صالحی
معاون محترم رئیس جمهور و رئیس سازمان انرژی اتمی ایران
نظر به این‌که دولت آمریکا نسبت به اجرای تعهدات خود در برجام تاکنون تعلّل و اهمال نموده و با توجه به ‏تمدید اخیر قانون تحریم‌های ایران (آیسا) ‌که جمهوری اسلامی ایران از پیش چنین اقدامی را بعنوان نقض ‏برجام اعلام کرده بود، در اجرای مصوبات شورایعالی امنیت ملی و هیأت نظارت بر اجرای برجام، به سازمان ‏انرژی اتمی ایران دستور داده می‌‌شود در توسعه برنامه صلح‌آمیز هسته‌ای کشور در چارچوب تعهدات ‏بین‌‌المللی جمهوری اسلامی ایران، مأموریت‌های زیر را اجرا ‌نماید:‏
‏1. برنامه‌ریزی برای طراحی و ساخت پیشران هسته‌ای جهت بهره‌گیری در حوزه حمل‌ونقل دریایی، با ‏همکاری مراکز علمی و تحقیقاتی.‏
‏2. مطالعه و طراحی «تولید سوخت» مصرفی پیشران هسته‌ای، با همکاری مراکز علمی و تحقیقاتی.‏
مقتضی است طرح و برنامه‌ زمان‌بندی شده جهت تحقق بندهای فوق را حداکثر ظرف سه ماه به اینجانب ارائه ‏نمائید.‏
حسن روحانی
رییس جمهوری اسلامی ایران

* اولین بازتاب‌های فرمان هسته ای روحانی برای پیشگیری از نقض برجام
دستورات هسته ای روحانی امروز به فاصله اندکی در صدر خبر رسانه های بزرگ جهان قرار گرفت. شبکه های بی بی سی ، سی ان ان ، فرانس پرس و دیگر رسانه ها این تصمیم رئیس جمهوری ایران را به عنوان رویداد فوری و مهم مخابره کردند. روحانی در دستور خود تاکید کرده است:در پی اهمال، تعلل و نقض برجام توسط آمریکا ، وزیر امور خارجه و رییس سازمان انرژی اتمی مسئول پیگیری حقوق اجرای برجام و نیز توسعه فعالیت های صلح آمیز هسته ای می شوند.
خبرگزاری انگلیسی در تحلیلی نسبت به دستورات امروز رییس جمهور ایران، آن‌را «نخستین واکنش قاطع تهران به واشنگتن» درباره برجام خواند.
به دنبال دستور روز سه‌شنبه «حسن روحانی» رییس جمهور ایران برای بهره‌گیری از انرژی اتمی در حمل و نقل دریایی، خبرگزاری انگلیسی «رویترز»  در تحلیلی نوشت: این سخنان رییس جمهور ایران واکنش به آنچه بود که او تخلف آمریکا در یک توافق اتمی جهانی نام نهاد.
به نوشته رویترز، این دستور رییس جمهور ایران اولین واکنش قاطع به تصمیم کنگره آمریکا در ماه گذشته برای تمدید اعمال تحریم‌ها بر ایران بود.
بر این اساس، سخنان حسن روحانی بر تنش بین ایران و آمریکا که اینک نیز با اظهار نظرهای «دونالد ترامپ» رییس جمهور منتخب که وعده پاره کردن توافق را داده بود، شدت خواهد یافت.
به نوشته رویترز، هنوز واکنش فوری نسبت به سخنان حسن روحانی از سوی آژانس انرژی اتمی که مقر آن در وین پایتخت اتریش است و فعالیت های اتمی ایران را زیر نظر دارد، صورت نگرفته است.
رهبر ایران ماه گذشته اعلام کرده بود که تمدید تحریم‌ها علیه ایران(ISA) نقض قطعی توافق است و این کشور به یقین به آن واکنش نشان خواهد داد.