دوره نخست
نخستين دوره از حوزه علميه تبريز به دو قرن چهارم و پنجم قمرى تعلق دارد و پيش از آن به واسطه تسلط خرم دينان بر اين منطقه مذهب شيعه نمودى از خود نشان نداده است و در قرن چهارم حكومتها با سنى‏گرى‏هاى خود مانع رشد شيعه در اين منطقه شده‏اند.
حمزة بن عبد العزيز معروف به سلار ديلمى از دانشمندان شيعه و فقهاى بزرگ اماميه است كه در اين دوره مى‏زيسته است.
در دو قرن چهارم و پنجم حوزه تشيع در تبريز رونق گرفته است و دانشمندانى چون سلار ديلمى با حضور خويش اين حوزه را به اوج شكوفايى رسانده‏اند.
نخستين عامل رشد حوزه تبريز در اين دوره وجود علوى مبارزى چون سيد حمزه از احفاد امام كاظم(ع) است و دومين عامل رشد تشيع دعوت ابوالقاسم جعفر بن على از داعيان اسماعيلى آذربايجان به كيش اسماعيلى است.

دوره دوم
دوره دوم از حوزه علميه تبريز به قرنهاى ششم و هفتم هجرى تعلق دارد كه مقارن با ركود حركت علمى است‏حكومتهاى سنى مذهب و حملات قبايل زرد پوست تاتار موسوم به مغول مانع از رشد كافى و شكوفايى دانش در اين دوره‏است.

دوره سوم
اين دوره از اواخر قرن هفتم شروع و تا اوايل قرن دهم هجرى ادامه مى‏يابد آغاز اين دوره از حوزه علميه تبريز كه با اسلام‏گرايى و شيعى‏پذيرى سلاطين مغول روبه‏روست آغاز خوبى براى رشد مكتب تشيع است ليكن با روى كار آمدن تيموريان (۷۷۱ - ۹۰۶) و حملات وحشيانه خود موقعيت فرهنگى به دست آمده ديگر بار دستخوش تغييرات اجتماعى مى‏گردد كه با قيامهاى شيعى پاسخ داده مى‏شود.

دوره چهارم
اين دوره كه از آغاز حكومت صفويان و تا پايان دوره قاجار از اوايل قرن دهم تا اواخر قرن سيزدهم ادامه مى‏يابد دوره‏اى است كه شيعه از تقيه بيرون آمده و جامعه شيعى نمود پيدا كرده است و با توجه به تفكر انقلابى شيعه اهل سنت نيز به اين انديشه متعالى پيوسته‏اند در چنين شرايطى نهضت توسط قبايل قزلباش كه پيرو مذهب شيعه دوازده امامى بودند آغاز شد و تشيع به عنوان ايدوئولوژى و محور اصلى شكل‏گيرى ملتى يكپارچه در سراسر ايران مورد استفاده قرار گرفت.
حوزه علميه تبريز دراين دوره به پرورش خوشنويسان، شاعران، حكما، فقها، و محدثين شيعى پرداخته است. ليكن گرايش در آن روزهاى نخست به فلسفه و حكمت‏سپس به حديث آن گاه به فقه و اصول فقه است.
مدارسى كه در اين دوره تاسيس گرديد، به قرار زير مى‏باشند: ۱ - مدرسه طالبيه ۲ - مدرسه صادقيه ۳ - مدرسه صفويه ۴ - مدرسه حاج صفر على ۵ - مدرسه حاج على‏اصغر ۶ - مدرسه ميرزا على‏اكبر
شيخ آقا بزرگ تهرانى شمار علماى قرن دهم در اين حوزه را هفت نفر گزارش مى‏دهد كه عبارتند از: ۱ - ميرزا اويس تبريزى ۲ - حسين كربلايى (مؤلف «الروضات فى مزارات تبريز» ساكن دمشق) ۳ - زين العابدين تبريزى ۴ - عبد الباقى تبريزى ۵ - عبد الوهاب تبريزى ۶ - مير قاسم تبريزى ۷ - خواجه جلال الدين محمد تبريزى
حال آنكه شمار دانشمندان شيعى در قرن يازدهم قريب به سى نفر است كه فزونى شمار دانشمندان شيعى در قرن يازدهم و قرون پس از آن به سبب رونق حوزه علميه تبريز وجود دانشمندان فرزانه در اين حوزه است.

شكوفايى فقه شيعه
گستره فقه شيعى در حوزه علميه تبريز به مرحله‏اى از رشد رسيد كه توفيق يافت در قرن سيزدهم قمرى مرجع تقليدى را به جهان اسلام عرضه دارد اين شخصيت ممتاز علمى كه در علم و عمل و مراحل تقوى و ورع به قله كمال رسيده بود كسى جز حضرت آية الله العظمى سيد حسين حسينى كوه كمرى تبريزى نبود. نسب شريف وى با بيست و چهار واسطه به امام حسين(ع) مى‏رسيد و از فحول شاگردان شيخ اعظم انصارى محسوب مى‏گشت چنانچه شيخ در موارد احتياط به مراجعه فتاوى او امر مى‏نمود.
دانشمندان ديگرى از حوزه علميه تبريز در اين قرن از شاگردان شيخ اعظم انصارى بودند كه همزمان با آية الله سيد حسين حسينى كوه كمرى در نجفت اشرف به درس شيخ حاضر مى‏شدند برخى از آنان عبارتند از: ۱ - شيخ مولى احمد تبريزى(زنده به سال ۱۲۷۱ق.) ۲ - حاج شيخ ميرزا باقر مجتهد(متوفى ۱۲۸۵ق.) ۳ - ميرزا محمد تقى قاضى تبريزى(متوفى ۱۲۷۶ق.) ۴ - شيخ ميرزا حسن آقا تبريزى(متوفى ۱۳۳۸) ۵ - حاج ميرزا محمد حسن زنوزى تبريزى(متوفى ۱۳۱۰ق.) ۶ - ميرزا حيدر على عليارى(متوفى ۱۳۱۰ق.) ۷ - حاج ميرزا على تبريزى(متوفى ۱۲۴۸ق.) ۸ - سيد على سيد الحكما حسينى مرعشى(متوفى ۱۳۱۶ق.) ۹ - حاج مولى على عليارى(متوفى ۱۳۲۷ق.) ۱۰ - حاج ميرزا موسى تبريزى(متوفى ۱۳۰۷ق.)
لازم به ذكر است كه شمارى از اين فقها خود در مكتب آية الله كوه كمرى هم حاضر شده‏اند.

دوره پنجم
اين دوره به دو قرن چهارم و پانزدهم هجرى تعلق دارد و از پررونق‏ترين ادوار حوزه علميه تبريز محسوب مى‏شود چنانچه حضرت آية الله العظمى سيد محمد حجت كه به سال ۱۳۱۰ ق. در اين شهر تولد يافته بود به بركت عالمان فرزانه اين سامان و عصر شكوفايى حوزه تبريز مراحل اجتهاد را سپرى كرد و به مقام مرجعيت رسيد آية الله سيد حسين كوه كمرى عموى آية الله حجت بود لذا حوزه نجف اشرف براى خاندان حجت‏حوزه‏اى آشنا بود و ايشان به سال ۱۳۳۰ ق. در بيست‏سالگى به اين حوزه مهاجرت و به تكميل علوم و معارف پرداختند مهاجرت ايشان يك سال پس از رحلت عموى بزرگوارشان بود.
البته پس از ارتحال آية الله العظمى سيد حسين حسينى كوه كمرى آية الله فاضل شرابيانى به مرجعيت رسيد.
برخى از مشاهير علم و فضيلت‏حوزه علميه تبريز دراين دوره به قرار زير مى‏باشند: ۱ - آية الله آقا ميرزا رضى تبريزى (متولد ۱۲۹۴ق.) ۲ - آية الله آقا ميرزا ابوالحسن انگجى(متوفى ۱۳۵۷ق.) ۳ - آية الله سيد مهدى انگجى ۴ - آية الله آقا ميرزا عبد الحسين غروى (متولد ۱۳۲۸ق.) ۵ - آية الله آقا سيد احمد خسروشاهى (متولد ۱۲۶۶ق.) ۶ - آية الله ميرزا محمد على قاضى طباطبايى (متولد ۱۳۳۳ق.) ۷ - آية الله سيد ابراهيم دروازه‏اى(۱۳۸۱ - ۱۳۱۳ق.) ۸ - آية الله سيد مرتضى خسروشاهى (متولد۱۲۹۹) ۹ - آية الله سيد ابوالفضل خسروشاهى(متولد ۱۳۲۰ق.) ۱۰ - آية الله آقا ميرزا صادق قره داغى (۱۳۵۱ - ۱۲۷۴ق.) ۱۱ - آية الله سيد حجت ايروانى (متوفى ۱۳۵۴ق.) ۱۲ - آية الله سيد عبدالمجيد ايروانى (۱۳۷۱ - ۱۳۱۳ق.) ۱۳ - آية الله حاج شيخ رضا توحيدى (متولد ۱۳۳۲ق.)
در اين دوره از حيات علمى حوزه تبريز اعلام تجزيه آذربايجان از سوى فرقه دمكرات و اسلام زدايى رضاخان مطرح بود كه با ايستادگى آيات عظام تبريز آية الله سيد مرتضى خسروشاهى آية الله ميرزا صادق آقاى قره‏داغى و آية الله سيد مهدى انگجى روبه‏روى شدند و در پى اين مقاومت آية الله آقا ميرزا صادق و آية الله انگجى هر دو نخست به سنندج و سپس قم تبعيد شدند.
هر چند پس از مدتى آية الله انگجى به تبريز بازگشت و آية الله آقا ميرزا صادق در قم به حال تبعيد از دنيا رفت.