درباره آمد و شد امام در مدینه و احترام مردم نسبت به آن حضرت، اطلاعات مختصری در پاره ای از روایات آمده است.

فراخوانی آن حضرت به بغداد، در سال 220، توسط معتصم عباسی، آن هم درست در همان اولین سال حکومت خود، نمی توانست بی ارتباط با جنبه های سیاسی قضیه باشد. به ویژه که درست همان سال که حضرت جواد علیه السلام به بغداد آمد، رحلت کرد؛ این در حالی بود که تنها 25 سال از عمر شریفش می گذشت. عناد عباسیان با آل علی علیه السلام به ویژه با امام شیعیان که در آن زمان جمعیت متنابهی تابعیت مستقل آنها را پذیرفته بودند، شاهدی است بر توطئه حکومت در شهادت امام جواد علیه السلام. همچنین خواستن آن حضرت به بغداد و درگذشت وی در همان سال در بغداد، همگی شواهد غیرقابل انکاری بر شهادت آن بزرگوار به دست عوامل عباسی می باشد.

مرحوم شیخ مفید، با اشاره به روایتی درباره مسمومیت و شهادت امام جواد علیه السلام، رحلت آن حضرت را مشکوک دانسته است. بنا به روایت مستوفی، عقیده شیعه بر این است که معتصم آن حضرت را مسموم نموده است.

پاره ای از منابع اهل تسنن، اشاره بر این دارند که امام جواد علیه السلام به میل خود و برای دیداری از معتصم عازم بغداد شده است. در حالی که منابع دیگر، حاکی از آنند که معتصم به ابن زیات مأموریت داد تا کسی را برای آوردن امام به بغداد بفرستد. ابن صبّاغ نیز با عبارت" اِشخاص المعتصم له من المدینة. این مطلب را تأیید کرده است.

مسعودی روایتی نقل کرده که بنابر آن، شهادت آن حضرت به دست ام فضل، در زمانی رخ داده که امام از مدینه به بغداد نزد معتصم آمده بود. ام فضل پس از شهادت امام، به پاس این عمل خود به حرم خلیفه پیوست. این نکته را نباید از نظر دور داشت که ام فضل در زندگی مشترک خود با امام جواد علیه السلام از دو جهت ناکام مانده بود:

نخست آن که از آن حضرت دارای فرزندی نشد.

دوم آن که امام نیز چندان توجهی به وی نداشت .

ام فضل یک بار (گویا از مدینه) نامه ای نگاشت و از امام نزد مأمون شکایت کرد و از این که امام چند کنیز دارد گله نمود، ولی مأمون در جواب او نوشت:

ما تو را به عقد ابوجعفر درنیاوردیم که حلالی را بر او حرام کنیم، دیگر از این شکایتها نکن. به هر حال، ام فضل پس از مرگ پدر، امام را در بغداد مسموم کرد و راه یافتن او به حرم خلیفه و برخورداری از مواهب موجود در آن، نشانی از آن است که این عمل به دستور معتصم انجام شده است. و بالاخره امام جواد علیه السلام به شهادت رسید و حرم مطهر ایشان در کاظمین عراق قرار دارد که ملجا و پناهگاه عاشقان ایشان است .