ولادت: 1343ق.

محل ولادت:تبریز

وفات: 1416ق.

محل دفن: مشهد

در نوجوانی پدرش را از دست داد و تحت تربیت مادر علویه خود قرار گرفت . هفده سال بیشتر نداشت که با سری پرشور درصدد آموختن علوم غریبه متداول زمان خود برآمد . هدفش دست یابی به علم کیمیا بود. روزی ندایی شنید که : جعفر ! کیمیا محبت اهل بیت عصمت و طهارت (ع) است . پس از این واقعه رو به عتبات نهاد. دارایی بسیاری از پدر به ارث برده بود، همه را به نیازمندان بخشید، هشت سال در مسجد سهله به اعتکاف نشست و هفت سال دیگر نیز مقیم کربلا بود. پس از آمدن به ایران نیز همواره از شهری به شهر دیگر در سفر بود و با عارف عظیم آیت الله کشمیری انس و الفت داشت . آیت الله کشمیری می فرمود : اگر کسی از من پرسید در ایران چه کردی با مباهات می گویم جعفر آقای مجتهدی را دیدم . در عظمت مقام ایشان همین بس که خود فرمود: خداوند مرا آورد تا عرفان را در این عصر و زمان یک گام جلوتر ببرم.

در توسل به اهل بیت (ع) آیتی عجیب بود. کرامات و حکایات بسیاری از صفای ضمیر و دیده باطن بین ایشان نقل است . آقای مهندس احمد حسنی طباطبایی نقل می کند : یازده ماه از ملاقات من با آقای مجتهدی در آلمان می گذشت . یک بار حوالی غروب ایشان را دیدم فرمود: عازم اتریش هستم در آنجا کاری دارم ماشینی سوار شدیم پس از طی چند کیلومتر بین راه پیاده شدیم ساعتی گذشت تا به دامنه کوه بلندی رسیدیم برف بسیاری باریده بود . ایشان گفت بالا برویم هر چند سخت است اما تا مولا را داریم غصه ای نداریم . اینجا محل ماموریت ماست، سه دانشجو زیر برف مانده اند و برای رهایی خود از حضرت مسیح کمک خواسته اند آن سه دانشجو را به قهوه خانه ای آوردیم . یکی از آن ها گفت : در عالم رویا حضرت مسیح به من فرمود پسر فاطیما یکی از ماموران خود را به کمک شما می فرستد. حالا می بینم این آقا چقدر شبیه عیسی مسیح است ! آقای مجتهدی به او فرمود: شما سلامتی خود را مدیون حضرت مهدی (عج) فرزند حضرت فاطمه (س) هستید نه من . لطافت روح بزرگش بارها و بارها از بندگان خدا بلاگردانی می کرد؛ شخصی بیماری لاعلاجی داشت ؛ شیخ جعفر مجتهدی نزد امام رضا علیه السلام وساطت کرد تا بیماری به خودش منتقل شود آن شخص شفا یافت و شیخ جعفر تا مدت ها به آن بیماری گرفتار بود تا خوب شد . ولی بارآخر حضرت به او فرمود: این بار اگر مبتلا شدی تا آخر عمر گرفتاری ! او پذیرفت و تا آخر عمر شریفش بر صندلی چرخ دار می نشست.