پيام حضرت امام ره به مناسبت شهادت آيت الله مطهرى :
بسم الله الرحمن الرحيم
انا لله و انا اليه راجعون
اين جانب به اسلام و اولياى عظيم الشاءن و به ملت اسلام و خصوص ملت مبارز ايران، ضايعه اسف انگيز شهيد بزرگوار و متفكر و فيلسوف و فقيه عالى مقام مرحوم آقاى حاج شيخ مرتضى مطهرى قدس ره را تسليت و تبريك عرض مى كنم .
تسليت در شهادت شخصيتى كه عمر شريف و ارزنده خود را در راه اهداف مقدس اسلام صرف كرد و با كجرويها و انحرافات مبارزه سرسختانه كرد؛ تسليت در شهادت مردى كه در اسلام شناسى و فنون مختلفه اسلام و قرآن كريم كم نظير بود، من فرزند بسيار عزيزى را از دست داده ام و در سوگ او نشستم كه از شخصيتهايى بود كه حاصل عمرم محسوب مى شد.
در اسلام عزيز به شهادت اين فرزند برومند و عالم جاودان، ثلمه اى وارد شد كه هيچ چيز جايگزين آن نيست
...من اگرچه، فرزند عزيزى كه پاره تنم بود، از دست دادم، لكن مفتخرم كه چنين فرزندان فداكارى در اسلام وجود داشت و دارد
...ترورها نمى تواند شخصيت اسلامى مردان اسلام را ترور كند.
...برنامه اسلام از عصر وحى تاكنون بر شهادت تواءم با شهامت بوده است .
قتال در راه خدا و در راه مستضعفين در راءس برنامه هاى اسلام است .
و ما لكم لاتقاتلون فى سبيل الله و المستضعفين من الرجال و النساء و الولدان
اينان كه شكست و مرگ خود را لمس نموده و با اين رفتار غيرانسانى مى خواهند انتقام بگيرند يا به خال خام خود مجاهدين در راه اسلام را بترسانند، بدگمان كرده اند. از هر موى شهيدى از ما و از هر قطره خونى كه به زمين مى ريزد، انسان هاى مصمم و مبارزى به وجود مى آيد....
روح الله الموسوى الخمينى