«مطهری که در طهارت روح و قوّت ایمان و قدرت بیان کمنظیر بود، رفت و به ملأ اعلی پیوست، لکن بدخواهان بدانند که با رفتن او شخصیت اسلامی و علمی و فلسفیاش نمیرود. ترورها نمیتواند شخصیت اسلامی مردان اسلام را ترور کند.» این جمله بخش‌هایی از پیام بنیانگذار جمهوری اسلامی ایران در وصف شهادت آیت‌الله مرتضی مطهری بود. معلم شهیدی که بخش قابل توجهی از عمر ۵۹ ساله‌اش را صرف اسلام‌شناسی و فهم فنون مختلف قرآن کریم، عینیت‌بخشی به اهداف مقدس شریعت و مبارزه سرسختانه با جهل، خرافه، کجروی و انحرافات فکری و عقیدتی کرد.
به گزارش ایسنا، ساعات پایانی روز سه‌شنبه ۱۱ اردیبهشت ۱۳۵۸ یکی از اعضای گروهک تروریستی فرقان، استاد آیت‌الله مرتضی مطهری را پس از پایان جلسه و خارج شدن از منزل یدالله سحابی در تاریکی شب در کوچه پارک امین‌الدوله از کوچه‌های فرعی خیابان فخرآباد تهران با شلیک مستقیم گلوله به سر به شهادت رساند. جوانی که با اتومبیل از این منطقه عبور می‌کرد، پیکر غرقِ خونِ ایشان را دید و به بیمارستان طُرفه رساند اما کار از کار گذشته بود و گلوله کار خودش را کرده بود.
جمعی ۶۰ - ۵۰ نفره به رهبری جوانی ۲۰ ساله به نام اکبر گودرزی گروهک انحرافی فرقان را تشکیل دادند. گودرزی این گروه را در مدت سه چهار سال از بین بچه‌های جوان و کم سن و سالِ شرکت کننده در جلسات قرائت و تفسیر قرآن در تهران انتخاب می‌کرد. وی دروس مقدمات و قسمتی از دروس سطح را در حوزه‌های علمیه خوانسار، قم و تهران خوانده بود و در محله‌های نازی آباد، سلسبیل و جوادیه و مسجدهای خمسه در قلهک و فاطمیه در خزانه برای نوجوانان و جوانان جلسات تفسیر قرآن برگزار می‌کرد و جوانان مستعد را جذب گروه می‌کرد.
بر اساس ادعاهای گردانندگان فرقان، «قربانی شدن ارزشهای راستین تشییع سرخ علوی» و «آزاد ساختن علی از اسارت آخوندیسم» از مهمترین عواملی بود که موجب دست به اسلحه شدن اعضای جوان، ناپخته و تندروی این گروه تروریستی شد. برای شروع هم، سپهبد قرنی و استاد مطهری را در لیست اولین ترورهای‌شان قرار دادند. بر اساس اسناد و قرائن موجود گروهک تروریستی فرقان، انقلاب اسلامی را مشابه نهضت تنباکو، مشروطیت و ملی شدن صنعت نفت می‌دانست و در اعتقادی منحرفانه معتقد بود روحانیت به علت نداشتن تجربه کافی در امور اجرایی و نداشتن تخصص در امور فنی، مدیریتی و کشورداری بدون خواست مردم و به شکل کودتا به قدرت رسید به همین دلیل کینه‌ای عمیق از روحانیت در دل داشت.
هسته مرکزی گروهک فرقان با تشکیل جلسات کوتاهی درباره افرادی که باید ترور می‌شدند، تصمیم‌گیری می‌کرد. گودرزی رهبر این گروهک در یکی از جلسات بازجویی‌اش، اعتراف کرد: «مسؤول عملیات نظامی «محمد متحدی» بود. ایشان با من درباره افرادی که تصمیم می‌گرفتیم ترور شوند، صحبت می‌کرد و بعد با افرادی که خودش با آنها در تماس بود به این تصمیم، لباس عمل می‌پوشاند و در پایان کار، اینجانب اعلامیه آن را می‌نوشتم و به مسؤول تبلیغات و انتشارات می‌دادم.»
در کنار پیکر غرق در خونِ آیت‌الله مرتضی مطهری در محل ترور، تعدادی اعلامیه پیدا شد که نشان می‌داد این ترور کار گروه فرقان است با این حال یک ساعت بعد از نیمه شب، فردی ناشناس به روزنامه اطلاعات زنگ زد و مسؤولیت ترور شهید مطهری را به نمایندگی از گروهک فرقان پذیرفت و اعلام کرد «این گروه در نظر دارد در آینده نیز چند تن از شخصیت‌های سیاسی و مذهبی را ترور کند».
شهید مطهری در کنار فعالیت‌های سیاسی و آموزشی در حوزه و دانشگاه، ارائه ایدئولوژی اسلامی از طریق تدریس، سخنرانی و تألیف کتاب‌های متعدد به خصوص طی سالهای ۱۳۵۱ تا ۱۳۵۷ را در دستور کار خود داشت به ویژه آن که سالهای منتهی به پیروزی انقلاب اسلامی شاهد افزایش و به اوج رسیدن تبلیغات گروه‌های چپ و شکل‌گیری گروه‌های مسلمان چپ‌گرا و التقاطی بود به همین دلیل به توصیه بنیانگذار جمهوری اسلامی هفته‌ای دو روز برای تدریس به قم سفر می‌کرد و روزهایی نیز در منزل خود در تهران به تدریس مشغول بود.
پس از اطلاع امام خمینی (ره) از ترور شهید مطهری، پیامی به این شرح صادر کردند: «اینجانب به اسلام و اولیای عظیم الشأن آن و به ملت اسلام و خصوص ملت مبارز ایران ضایعۀ أسف انگیز شهید بزرگوار و متفکر و فیلسوف و فقیه عالی‌مقام مرحوم آقای حاج شیخ مرتضی مطهری ـ قدس سره ـ را تسلیت و تبریک عرض می کنم. تسلیت در شهادت شخصیتی که عمر شریف و ارزندۀ خود را در راه اهداف مقدس اسلام صرف کرد و با کج‌روی‌ها و انحرافات مبارزۀ سرسختانه کرد، تسلیت در شهادت مردی که در اسلام شناسی و فنون مختلفۀ اسلام و قرآن کریم کم نظیر بود.»
امام امت ادامه دادند: «من فرزند بسیار عزیزی را از دست دادم و در سوگ او نشستم که از شخصیت‌هایی بود که حاصل عمرم محسوب می شد. در اسلام عزیز با شهادت این فرزند برومند و عالِم جاودان ثلمه ای وارد شد که هیچ چیز جایگزین آن نیست. و تبریک در داشتن این شخصیت‌های فداکار که در زندگی و پس از آن با جلوۀ خود نورافشانی کرده و می کنند. من در تربیت چنین فرزندانی که با شعاع فروزان خود مردگان را حیات می بخشند و به ظلمت‌ها نور می افشانند، به اسلام بزرگ، مربی انسانها و به امت اسلامی تبریک می گویم. من گرچه فرزند عزیزی را که پارۀ تنم بود از دست دادم لکن مفتخرم که چنین فرزندان فداکاری در اسلام وجود داشت و دارد. مطهری که در طهارت روح و قوّت ایمان و قدرت بیان کم نظیر بود، رفت و به ملأ اعلی پیوست، لکن بدخواهان بدانند که با رفتن او شخصیت اسلامی و علمی و فلسفی اش نمی رود.»
رهبر فقید انقلاب اسلامی یادآور شدند: «تروریست‌ها نمی توانند شخصیت انسانی مردان اسلام را ترور کنند. آنان بدانند که به خواست خدای توانا ملت ما با رفتن اشخاص بزرگ در مبارزه علیه فساد و استبداد و استعمار مصمم‌تر می شوند. ملت ما راه خود را یافته و در قطع ریشه‌های گندیدۀ رژیم سابق و طرفداران منحوس آن از پای نمی نشیند. اسلام عزیز با فداکاری و فدایی دادن عزیزان رشد نمود. برنامۀ اسلام از عصر وحی تاکنون بر شهادت توأم با شهامت بوده. قتال در راه خدا و راه مستضعفین در رأس برنامه های اسلام است. مَا لَکُم لاتُقاتِلونَ فِی سَبیلِ الله ِ وَالمُستَضعَفینَ مِنَ الرّجالِ وَالنّساءِ وَالولدانِ»
ایشان تاکید کردند: «اینان که شکست و مرگ خود را لمس نموده و با این رفتار غیرانسانی می خواهند انتقام بگیرند یا به خیال خام خود مجاهدین در اسلام را بترسانند، بد گمان کرده اند. از هر موی شهیدی از ما و از هر قطرۀ خونی که به زمین می ریزد، انسانهای مصمم و مبارزی به وجود می آید. شما مگر تمام افراد ملت شجاع را ترور کنید والاّ ترور فرد هر چه بزرگ باشد، برای اعادۀ چپاولگری سودی ندارد. ملتی که با اعتماد به خدای بزرگ و برای احیای اسلام بپا خاسته با این تلاشهای مذبوحانه عقبگرد نمی کند. ما برای فداکاری حاضر و برای شهادت در راه خدا مهیا هستیم.»
امام (ره) اعلام کردند: «اینجانب روز پنجشنبه سیزده اردیبهشت ۵۸ را برای بزرگداشت شخصیتی فداکار و مجاهد در راه اسلام و ملت، عزای عمومی اعلام می کنم و خودم در مدرسۀ فیضیه روز پنجشنبه و جمعه به سوگ می نشینم. از خداوند متعال برای آن فرزند عزیز اسلام رحمت و غفران و برای اسلام عزیز عظمت و عزت مسئلت می نمایم. سلام بر شهدای راه حق و آزادی.»