پس از آن كه ضربت خوردن حضرت علي(ع) در شهر كوفه پراكنده شد، اهالي اين شهر، به ويژه شيعيان و محبان آن حضرت، سراسيمه وارد مسجد شده و از حال آن حضرت پرس و جو نمودند. آنان هنگامي كه به نزد آن حضرت رسيدند، ديدند سر مباركش در دامن فرزندش امام حسن مجتبي(ع) است و با اين كه جاي زخم سرش را محكم بسته اند، با اين حال خون از آن جاري است و چهره مبارك آن حضرت از زردي به سفيدي مايل شده است و به آسمان نظر مي افكند و به تسبيح و تقديس الهي مشغول است و مي گويد: الهي اسئلك مرافقه الأنبياء و الأصياء و أعلي درجات جنّه المأوي.
در همين هنگام ضارب آن حضرت، يعني عبدالرحمن بن ملجم مرادي را دستگير كرده و به مسجد آوردند. مردم كه از شدت خشم و ناراحتي مي خواستند وي را با دست و دندان خويش پاره پاره كرده و به سزايش برسانند، با ممانعت محافظان و ياران حضرت علي(ع) مواجه شدند.
حضرت علي(ع) هنگامي كه نظر مباركش به آن تيره بخت و روسياه افتاد، به وي فرمود: اي ملعون! كُشتي اميرمؤمنان و پيشواي مسلمانان را، در حالي كه تو را پناه داد و بر ديگران اختيار كرد و به تو عطاها نمود. آيا براي تو بد امامي بود؟ و پاداش نيكي هاي او به تو، همين بود كه دادي؟
ابن ملجم سر به زير افكند و سخني نمي گفت. پس از دقايقي امام علي(ع) چشم گشود و فرمود: ارفقوا يا ملائكه ربّي بي؛ اي فرشتگان خدا با من رفق و مدارا كنيد.
ابن ملجم مرادي، در اين وقت مي گريست و خطاب به آن حضرت، مي گفت: افأنت تنقذ من في النار؟ آيا تو مي تواني كسي كه جايش در جهنم است، نجاتش دهي؟
امام علي(ع) به فرزندش امام حسن(ع) درباره رفتار با ابن ملجم سفارش كرد و به وي فرمود: پسرم! با اسير خود مدارا كن و با وي طريق شفقت و رحمت پيش گير.
امام حسن(ع) عرض كرد: پدرجان! اين ملعون، ضربتي سخت بر تو وارد كرد و دل هاي ما را به درد آورده است، با اين حال دستور مي دهي كه با وي رفتاري مشفقانه در پيش گيريم؟
امام علي(ع) فرمود: فرزندم! ما اهل بيت رحمت و مغفرتيم. پس وي را به آن چه خود مي خوري، بخوران و به آن چه مي آشامي، بياشام. اگر من از دنيا رفتم، از او قصاص كن ولي جسدش را به آتش مسوزانيد و وي را مثله نكنيد. زيرا از جدت رسول خدا(ص) شنيدم كه مي فرمود: مثله نكنيد، اگر چه سگ گزنده باشد.
اما اگر زنده ماندم، خودم داناترم كه با او چه رفتاري كنم و عفو وي را ترجيح مي دهم. زيرا ما از اهل بيتيم كه با گناهكاران در حق خويش، جز به عفو و كرم رفتار نمي كنيم.
در اين هنگام، آن حضرت را به سوي خانه اش منتقل كردند و دختران و فرزندان و ساير خانواده آن حضرت، با ديدن وي شيون و گريه سر دادند.
نقل شد كه براي درمان زخم آن حضرت، پزشكان كوفه را گرد آوردند و حاذق ترين و داناترين آنان، شخصي بود به نام "اثيربن عمرو". وي چون در زخم سر مبارك آن حضرت نگريست، شش گوسفندي طلبيد كه تازه و گرم بود و رگي از آن بيرون كشيد و آن را در شكاف زخم سر آن حضرت گذاشت و در آن دميد تا اطرافش به تمام قسمت هاي جراحت رسيد و اندكي بگذاشت و سپس برداشت و در آن نگاهي كرد و ديد كه برخي از سفيدي مغز سر آن حضرت در آن مشاهده مي گردد. در اين وقت با حسرت و آه، عرض كرد: يا اميرالمؤمنين! وصيت خود را بگو، كه اين زخم كار خود را كرده و به مغز سرت رسيده است و از تدبير بيرون شده است.
آن گاه حضرت علي(ع) به امام حسن(ع) و امام حسين(ع) و ساير فرزندانش سفارش نمود. وصيت آن حضرت به فرزندانش در نامه 47 نهج البلاغه (فيض الاسلام) آمده است. حضرت علي(ع) تا شب 21 رمضان، در بستر بيماري بود و در اين شب گاهي بي هوش مي گرديد و گاهي به هوش مي آمد و به اطرافيان نظري مي افكند و به آنان توصيه مي نمود. سرانجام چشمان مباركش را بر هم گذاشت و پاهاي خود را به سوي قبله نمود و گفت: اشهد ان لا اله الا الله وحده لا شريك له و اشهد انّ محمداً عبده و رسوله. اين كلمات را گفت و روح مباركش به اعلي عليين پرواز كرد. امام حسن مجتبي(ع) و امام حسين(ع) به همراهي ساير فرزندان و ياران نزديك وي، او را غسل و كفن كرده و طبق سفارش آن حضرت، شبانه وي را در بيرون شهر كوفه، در جايي كه هم اكنون معروف به نجف اشرف است، به خاك سپردند.