تفسیر قرآن یکی از علومى است که همراه با علم قرائات، تجوید و تاریخ قرآن، سابقه آن تا عصر پیغمبر(ص) کشیده مى‌شود. از دیرباز تاکنون کوشش‌هاى گسترده و طاقت‌فرسایى پیرامون تفسیر انجام پذیرفته و مى‌پذیرد و هر یک از عالمان و اندیشمندان به فراخور توان خویش در این راه کوشیده و تفاسیر متعددى را به رشته تحریر درآورده‌اند.
حقیقت تفسیر به معناى برداشتن پرده از آیات الهى است. حضرت امام خمینی(ره) در این باره مى‌فرمایند «به طور کلى معنی تفسیر کتاب آن است که شرح مقاصد آن کتاب را بنماید؛ و نظر مهم به آن، بیان منظور صاحب کتاب باشد. این کتاب شریف [قرآن] که به شهادت خداى تعالى کتاب هدایت و تعلیم است و نور طریق سلوک انسانیت است، باید مفسر در هر قصه از قصص آن، بلکه هر آیه از آیات آن، جهت اهتداء به عالم غیب و حیث راهنمایى به طریق سعادت و سلوک طریق معرفت و انسانیت را به متعلم بفهماند. مفسر وقتى مقصد از نزول را بما فهماند مفسر است، نه سبب نزول ... که در تفاسیر وارد است.»
تقسیم‌بندی تفسیر آیات قرآن از منظر امام خمینی(ره)
در رابطه با تفسیر قرآن کریم نیز امام(ره) آیات را به دو دسته تقسیم می‌کنند؛ تفسیر برخی از آیات را که مربوط به احکام فرعی است، برای همه مفسرین ممکن می‌دانند، امّا در رابطه با تفسیر برخی دیگر از آیات مثل آیات سوره مبارکه حدید و سوره توحید می‌فرمایند: «همین آیاتی که در روایات ما وارد شده است که برای متعمّقین آخرالزمان وارد شده‌است، مثل سوره توحید و شش آیه از سوره حدید، گمان ندارم که واقعیتش برای بشر تا الآن و تا بعدها آن طور که باید باشد، کشف بشود... متعمقین آخرالزمان هم به اندازه عمق ادراکشان، بهتر از دیگران فهمیده‌اند و الا حد قرآن، آن است که «انما یعرف القرآن من خوطب به: قرآن را مخاطبان قرآن می‌شناسند»، این «یعرف...» این نحو آیات است، والا بعضی آیات که مربوط به احکام ظاهریه است و مربوط به نصایح است که همه می‌فهمند.»
نبود تفسیر حقیقی از قرآن
امام خمینی(ره) بر این باور است که «تا کنون تفسیرى براى کتاب خدا نوشته نشده و نشد که [امامان معصوم(ع)] قرآن تفسیر کنند و آن معارفى که در قرآن هست آن‌ها بیان کنند براى ما، اینها از تأسف‌هایى است که ما باید در گور ببریم. بنابراین ما باید در این امور متأسف باشیم که از قرآن دست مان کوتاه است. و این تفسیرهایى که بر قرآن نوشته شده است از اول تا حالا, اینها تفسیر نیستند. اینها البته یک ترجمه هایى, یک بویى از قرآن بعضى‌شان دارند، و الا تفسیر این نیست.»
اخذ مفاهیم قرآنی با برهان و عقل
در نظر امام خمینی(ره) «کتاب خدا، کتاب معرفت و اخلاق و دعوت به سعادت وکمال است... ما باید مقصود از تنزیل این کتاب را قطع نظر از جهات عقلى برهانى، که خود به ما مقصد را مى‌فهماند ازخود کتاب اخذ کنیم. مصنف کتاب مقصد خود را بهتر مى‌داند. اکنون به فرموده‌هاى این مصنف راجع به شؤون قرآن نظر کنیم، مى‌بینیم خود مى‌فرماید: «ذَلِکَ الْکِتَابُ لاَ رَیْبَ فِیهِ هُدًى لِّلْمُتَّقِینَ: این است کتابى که در [حقانیت] آن هیچ تردیدى نیست [و] مایه هدایت تقواپیشگان است (بقره/2) این کتاب را کتاب هدایت خوانده».
ویژگی مفسر و ویژگی تفسیر امام خمینی(ره)
«مفسر باید شؤون الهیه را به مردم تعلیم کند و مردم باید براى تعلم شؤون الهیه به آن رجوع کنند تا استفادت از آن حاصل شود «وَنُنَزِّلُ مِنَ الْقُرْآنِ مَا هُوَ شِفَاء وَرَحْمَةٌ لِّلْمُؤْمِنِینَ وَلاَ یَزِیدُ الظَّالِمِینَ إَلاَّ خَسَارًا، و ما آنچه را براى مؤمنان مایه درمان و رحمت است از قرآن نازل مىکنیم و[لى] ستمگران را جز زیان نمىافزاید» (اسرا/۸۲). چه خسارتى بالاتر از اینکه سى چهل سال کتاب الهى را قرائت کنیم و به تفاسیر رجوع کنیم و از مقاصد آن بازمانیم.»
امام خمینی(س) به تناسب از روش‌هاى مختلف برای تفسیر قرآن سود جسته است. حضرت امام (ره) تلاش کرده‌اند تا با رفع حجاب از اسرار قرآن مقاصد آن را براى جویندگان حقیقت روشن نمایند و به مرتبه ایمان مطلوب برسانند. به تعبیرامام راحل(ره) مطلوب در تلاوت قرآن شریف آن است که در قلب انسان تأثیر کند و باطن انسان صورت کلام الهی گردد و از مرتبه ملکه به مرتبه تحقق رسد.