از اوايل قرن پنجم ميلادي كه تعصبات مذهبي در اروپا به اوج خود رسيده بود،‌ عده زيادي از پزشكان و داروسازان از اروپا طرد شدند، و ايران را بهترين پناهگاه دانستند و با مساعدت شاهپور اول به خدمت دانشگاه جندي شاپور درآمدند و بالاخره جندي شاپور به مركز تجمع انديشه هاي يونان، هند، آسياي غربي و ايران تبديل شد و علم پزشكي و داروسازي در آن رونق چشم گير يافت.

براي اولين بار رشته پزشكي از داروسازي تفكيك شد و نيز كتاب هاي داروسازي و طبي حكماي يوناني چون ارسطو، سقراط و جالينوس در اين دانشگاه به فارسي ترجمه شد.

در دانشگاه جندي شاپور تدريس را پزشكان ايراني، يوناني،‌ سرياني و هندي به عهده داشتند و زبان رسمي اين دانشگاه يوناني بود ولي داروسازي به زبان پارسي تدريس مي شد. زيرا پزشكان ايراني در  امور داروسازي مهارت خاصي داشتند به طوري كه اولين داروسازي در دنيا به دست شاپور بن سهل نوشته شد.

در جندي شاپور بالاخره طبي به وجود آمد كه حاصل دانش و تجربيات طب ايراني، يوناني، هندي بود و طب ايراني قبل از اسلام نام گرفت. اين طب پايه و اساس طب «ابن سينا» است.

ظهور اسلام

پس از حمله اعراب در زمان خلافت عمر، جندي شاپور به تصرف ابوموسي اشعري در آمد اما بيمارستان جندي شاپور همچنان برقرار بود تا آن كه منصور وانقي سر سلسله خلفاي عباسي، جبرائيل بن بختيشوع وعده ديگري از حكما و دانشمندان جندي شاپور را به بغداد برد و با اين اقدام (خليفه عباسي) بغداد كه در آن روز پايتخت كشورهاي اسلامي بود، مركز علم پزشكي شد و در زمان مامون قسمت عمده كتاب هاي علمي فارسي، سرياني و هندي به زبان عربي ترجمه شد.

ترجمه كتب به زبان عربي زمينه را براي پيشرفت علمي ساير دول اسلامي فراهم آورد. در ايران نيز به محض آن كه پادشاهان آل بويه،در 320 هجري قمري (922 ـ م) استقلال از دست رفته خود را باز يافتند، عضدالدوله پادشاه آن سلسله به بغداد آمد و با وجود خليفه عباسي عملاً زمام امور ممالك اسلامي را به دست گرفت و به ترويج علم و تاسيس موسسات خيريه پرداخت.

از آن جمله احداث نخستين بيمارستان به نام «بيمارستان عضديه» در شهر بغداد بود و پس از آن با همت بزرگان ايران نه تنها در بغداد بلكه در بسياري از شهرهاي مهم ايران مانند نيشابور، بلخ، بخارا دانشكده و بيمارستان هاي مهم داير شد كه بخش داروسازي بيمارستان را «شرابخانه» مي ناميدند و يكي از مهمترين بخش هاي بيمارستان به شمار مي رفت و نيز سرپرست بخش داروسازي را «مهتر» مي گفتند. بنابراين ايرانيان را بايد پايه گذار تشكيلات صحيح داروسازي در بيمارستان دانست. يكي از مهمترين و معروفترين آنها بيمارستان و مدرسه نظاميه است كه به همت وزير لايق ايران، خواجه نظام الملك طوسي داير شد. (نيمه اول قرن هفتم) كه بزرگترين علماي آن روز در اين مدارس تربيت يافتند. چنانكه شيخ سعدي به شاگردي در اين مدرسه افتخار مي كرد.