ظهور مذهب پروتستان در اوايل قرن شانزدهم ميلادي، شكاف عميقي بين پيروان مسيحيت به وجود آورد و كاتوليكها و پروتستانها در طول سدههاي پس از آن، بارها با هم به نزاع و نبرد پرداختند. يكي از جنگهاي معروف طرفداران پروتستان با كاتوليكْ مذهبان، در دهه دوم قرن هفدهم ميلادي به وقوع پيوست و در حدود سي سال به طول انجاميد. در روز ۲۳ مه ۱۶۱۸م، پروتستانهاي چك كه از محدود شدن آزاديهايشان توسط فرديناند دوم، امپراتوري مقدس روم نگران بودند، دو فرستاده وي را به قتل رساندند و به اين ترتيب جنگهاي سي ساله مذهبي در اروپا آغاز شد. اين جنگها كه عمدتاً در آلمان روي داد، فراز و نشيبهاي زيادي داشت. در طول جنگ، كشورهاي فرانسه، سوئد و دانمارك در حمايت از پروتستانها و دولت اسپانيا و امپراتوري روم به طرفداري از كاتوليكها وارد جنگ شدند. جنگهاي سي ساله مذهبي اروپا در نهايت، با انعقاد پيمان وِسْتْفالي در سال ۱۶۴۸م خاتمه يافت، اما اسپانيا و فرانسه تا امضاي پيمان پيرْنِه در سال ۱۶۵۹م با هم درگير بودند. جنگهاي سي ساله، علاوه بر ويراني و تجزيه آلمان و نيز تضعيف امپراتوري مقدس روم، قدرت يافتن فرانسه را در پي داشت. در اين جنگها اگر چه نزاع ديرينه دو مذهب كاتوليك و پروتستان نقش مهمي داشت، اما عواملي چون اختلافهاي ارضي و سياسي دولتهاي اين قاره نيز در شروع و ادامه جنگ، بسيار مؤثر بود. از نتايج مهم اين جنگها، پايان نسبيِ درگيريهاي مذهبي پروتستانها و كاتوليكها و آغاز رشد جريانهاي ناسيوناليستي و مليگرايى و نژادپرستي در اروپا بود. در كنار اين تاثيرات، تفكر جدايى دين از سياست نيز سر برآورد. به عبارتي، يكي از وقايع مهم اجتماعي كه زمينه جدايي نهاد ديني را از سياست فراهم ساخت، همين جنگها و پيمان وِسْتْفالي بود. در اين پيمان قرار بر اين شد كه قدرت اقتصادي كليسا تضعيف شود و به تعبيري، مراكز اقتصادي كه در سلطه كليسا بودند از نفوذ كليسا خارج گردند.