محمد بن ابي بكر، در اوائل ذي حجه سال دهم قمري در بين راه مدينه منوره و مكه معظمه، در ذوالحليفه، در مكاني به نم "بيداء" ديده به جهان گشود.

در آن ايام پدرش ابوبكر بن ابي قحافه و مادرش اسماء بنت عميس بسان بسياري از اصحاب رسول خدا(ص)، به همراه آن حضرت عازم مكه معظمه بوده، تا مراسم حج آن سال را، كه به حجة الوداع معروف گرديد، به جاي آورند.

شايان ذكر است كه اسماء بنت عميس، پيش از ابوبكر، همسر جعفر بن ابي طالب(ع) معروف به جعفر طيار بود، كه پس از شهادت وي در جنگ موته، همسر ابوبكر شد و محمد را به دنيا آورد. پس از مرگ ابوبكر در سال 13 هجري قمري، اسماء بنت عميس افتخار همسري اميرمؤمنان علي بن ابي طالب(ع) را پيدا كرد و فرزند خردسالش محمد را نيز به خانه امام علي(ع) برد و در مكتب تربيتي وي، بزرگش نمود.

محمد بن ابي بكر در محاصره قصر عثمان بن عفان و كشته شدن وي به دست انقلابيون مسلمان، نقش مهمي بر عهده داشت و پس از انتخاب شدن اميرمؤمنان(ع) به خلافت اسلامي، وي از اعضاي شرطة الخميس (فدائيان امام علي(ع)) بود. محمد بن ابي بكر در غائله اصحاب جمل در كنار مولايش امام علي(ع) با مخالفان و معاندان ولايت به سختي مي جنگيد و در برابر خواهر خويش عائشه بنت ابي بكر و برادر خود عبدالرحمن ابي بكر، مبارزه مي كرد و با ناكثين عصر خود، نبرد بي اماني به عمل آورد.

پس از واقعه جمل، وي از سوي امام علي(ع) به جاي شوهر عمه خود قيس بن سعد انصاري، به حكومت مصر منصوب گرديد.

وي، در هنگام جنگ صفين كه ميان سپاهيان امام علي(ع) و لشكريان معاويه بن ابي سفيان بر پا شده بود، از مصر سربازان را مجهز كرده و به همراه امكانات مالي و رزمي به ياري اميرمؤمنان(ع) در صفين مي فرستاد.

پس از واقعه صفين ميان او و معاوية بن ابي سفيان نامه هايي رد و بدل شد و معاويه از تطميع و تهديد او نااميد گرديد و به ناچار عمرو بن عاص را با سپاهي سنگين به نبرد او در مصر فرستاد.

محمد بن ابي بكر كه با تهاجم همه جانبه شاميان و عثمانيان روبرو شده بود، نامه اي به امام علي(ع) فرستاد و از او ياري طلبيد.

امام علي(ع) براي خنثي كردن فتنه هاي معاويه و عمرو بن عاص نامه اي به مالك اشتر نخعي فرستاد و او را به نزد خويش طلبيد و پس از حضور وي در كوفه، طي حكمي وي را به حكومت مصر منصوب كرد، تا با دليري و زيركي خويش بتواند در برابر تهاجم همه جانبه دشمن مقاومت كرده و محمد بن ابي بكر را از آن وضعيت نجات دهد.

اما متاسفانه، مالك اشتر در مسير مصر، در ناحيه "قلزم" به دست جاسوسان معاويه مسموم و شهيد گرديد و با شهادت او، نيروهاي دشمن دل گرم تر و ياران امام علي(ع) در مصر، منزوي تر گرديدند.

امام علي(ع) پس از آگاهي از شهادت مالك اشتر، نيروهاي ديگري از كوفه به فرماندهي كعب بن مالك همداني آماده حركت به مصر نمود، تا محمد بن ابي بكر را در نبرد با شاميان و عثمانيان ياري نمايند.

اما به خاطر فاصله طولاني كوفه تا مصر و نزديك بودن فاصله شام به مصر، توطئه هاي معاويه پيش از حركت جهادي سپاهيان امام علي(ع) مؤثر واقع گرديد.

معاويه، از يك سو هواداران عثمان مقتول، به سردمداري افرادي چون مسلمة بن مخلد و معاوية بن حديج را در داخل مصر بر ضد محمد بن ابي بكر وادار به شورش و جنگ داخلي كرد و از سوي ديگر، عمرو بن عاص را با شش هزار مرد جنگي براي نبرد با محمد بن ابي بكر به سوي مصر اعزام كرد.

محمد بن ابي بكر دليرانه در برابر سپاهيان دشمن مقاومت كرد و در اين بين بسياري از سپاهيان و فرماندهان او و هم چنين مخالفانش كشته شدند ولي كثرت دشمنان و مهاجمان، صحنه را به تدريج بر وي تنگ كرد و عاقبت او را در ميدان نبرد تنها نمود. سرانجام وي را دستگير و در غل و زنجيرش نمودند و به نزد عمرو بن عاص در فسطاط فرستادند. با اين كه برادرش عبدالرحمن بن ابي بكر در سپاه عمرو بن عاص بود، با اين حال نتوانست براي رهايي و آزادي او كاري انجام دهد. سرانجام با شكنجه هاي زياد روحي و جسمي، او را مظلومانه به شهادت رسانيده و بدن مقدسش را در شكم حيواني گذاشته و به دستور معاوية بن حديج سكوني جنايت كار، در آتش سوزانيدند.

پس از شهادت وي، مصر به تصرف شاميان در آمد و امام علي(ع) در شهادت او بسيار متاثر و ناراحت گرديد و در ضمن خطبه اي فرمود: ألا انّ محمد بن ابي بكر (رحمه الله) قد قتل، و تغلب ابن النابغة ـ يعني عمرو بن العاص- علي مصر، فعند الله نحتسب محمداً، فقد كان ممن ينتظر القضاء و يعمل للجزاء.

پس از آن واقعه جانسوز، امام علي(ع) لشكريان خود را كه به ياري محمد بن ابي بكر فرستاده بود و آنان به مقدار پنج فرسنگ از كوفه دور شده بودند، به كوفه بازگردانيد.

شيخ طوسي روايت كرد كه روزي محمد بن ابي بكر به امام علي(ع) عرض كرد: دستت را جلو بياور تا با تو بيعت كنم. امام علي(ع) فرمود: مگر با من بيعت نكرده بودي؟

گفت: چرا، بيعت كرده بودم و حال مي خواهم تجديد بيعت كنم.

آن گاه با امام علي(ع) بيعت كرد و به وي عرض كرد: اشهد انك امام مفترض طاعتك، و أنّ أبي في النّار.