وجه تسمیه مسجد الازهر به نام مبارک حضرت فاطمه زهراء (س) برمی گردد. حدودا هزار سال پیش فاطمیان شیعی حاکم بر مصر این مسجد را با هدف بسط وگسترش معارف شیعی بنا نهادند.
به گزارش خبرگزاری اهل بیت(ع) ـ ابنا ـ یک شهروند مصری می گوید : آموزش اندیشه های شیعه در مصر و دیگر کشورهای آفریقا از مسجد الازهر گسترش یافت به خصوص در دوره شیخ محمود شلتوت شیخ الازهر.
مسجد الازهر یکی از قدیمی ترین مساجد مصر است که از هزار سال پیش به مرکزی برای مبارزات مذاهب اسلامی و آموزش تعالیم دین اسلام مبدل شده است . به گفته شهروند مصری ؛ تحصیلات در الازهر در دوران قدیم به صورت فعلی دانشگاهی نبود.
درآن زمان هر شیخ و استادی درکنار یکی از ستون های این مسجد می نشستند و شاگردان و مریدان آنها گردشان را حلقه می زدند.
برادران ایرانی وهندی هم جایگاه ویژه ای داشتند. این بنای عظیم محل آموزش علم و دین در کنار هم است مسجد و دانشگاه در یک مکان گردهم آمدند تا دین اسلام به بهترین وجه به بشریت انتقال یابد.