شهادت امام علی النقی علیه السلام در سال 254 هجری بنا بر قول مشهور در 41 سالگی بوده است. مرحوم کلینی شهادت آن حضرت را در 26 جمادی الاخر نقل فرموده است. مشهور این است که آن حضرت 6 یا 8 سال و 5 ماه داشت که پدر بزرگ وار ایشان جواد الائمه علیه السلام به شهادت رسیدند. آن حضرت به منصب کبرای امامت و خلافت عظمی رسیدند و مدت امامت آن وجود شریف 33 بود. ایام حیات امام هادی علیه السلام مصادف بود با خلافت مامون، معتصم، واثق، متوکل، منتصر، مستعین، معتز لعنه الله علیهم و آخر الامر معتز آن حضرت را با زهر شهید کرد. مدت عمر مبارک آن حضرت 41 سال و چند ماه بود. 13 سال در مدینه اقامت فرمودند و بقیه ایام امامت خویش را به اجبار متوکل در سامرا بودند. حاکم مدینه به متوکل نوشت که اگر تو را به مکه و مدینه حاجتی است علی بن محمد علیه السلام را از این دیار بیرون ببر که همه را مطیع خود ساخته است. در مدینه اسباب اذیت و آزار به آن حضرت را به دستور متوکل زیاد کردند، تا زمانی که آن حضرت را به سامرا بردند و جسارت ها کردند، تا این که معتز آن حضرت را شهید کرد. امام عسکری علیه السلام غسل و کفن و نماز بر آن حضرت را انجام داد، و بعدا در ظاهر، این امورات توسط دیگران انجام شد و ایشان را در منزل خود در مکان فعلی حرم مطهر دفن نمودند.