مسلمانان در نتيجه آزار و فشارهای قريش  دسته دسته رهسپار مدينه شدند و رسول خدا به انتظار اذن پروردگارش در هجرت از مـكه و رفتن به مدينه باقى ماند مشركان مكه از پيشرفت و گسترش اسلام پيوسته در بيم و هراس ‍ بودند و شكست و زوال خود را نزديك و نزديكتر مى ديدند از اين رو در دارالندوة گرد آمده ، به فكر چاره افتادند.

ابوجهل كه از سخت ترين دشمنان اسلام بود، گفت: اى جماعت قريش احدى از عرب محترم تر از ما نبود و ما در حرم امن الهى بوديم، عرب هر سال دو بار به مكه مسافرت مى كرد و كسى در ما طمع نداشت تا آن كه محمد در ميان ما پيدا شد، ما او را بسبب صلاح و امانتش امين نام نهاده بوديم، ولى مدتى مى گذرد كه رسول خداست. از اين رو خدايان ما را بد گفت، ما را سفيه و بى خرد ناميد، جوانان ما را فاسد كرد و جمع ما را به افتراق كشانيد .اجتماع گرد آمده پس از بررسی پيشنهادات مختلف بر آن شدند كه از هر تيره اى از تيره هاى قريش يك مرد مشهور انتخاب شود حتى يك نفر هم از بنى هاشم، و آن وقت همه يكباره به محمد حمله كرده به قتلش درآورند و خونبهای او را سه برابر و حتى اگر ده برابر هم خواستند بپردازند. سرانجام پانزده نفر از جمله ابولهب عموى رسول الله صلى الله عليه و آله و سلم را انتخاب كردند كه آن حضرت را بكشند. آنگاه از مجلس مشورت پراكنده شده، قرار گذاشتند كه نقشه را شب هنگام اجرا كنند و كسى را از آن تصميم خبر ندهند. شب موعود، ابولهب گفت: شب مناسب نيست. منتظر بمانيم وقت صبح حمله كرده كارش را بسازيم، بنابراين در اطراف منزل آن حضرت به انتظار ايستادند. در اين هنگام آيه و «اذ يمكر بك الذين كفروا ليثبتوك او يقتلوك او يخرجوك و يمكرون و يمكرالله والله خير الماكرين»: « و ياد کن هنگامى را كه كافران درباره تو نيرنگ مى كردند تا تو رابه بند كشند يا بكشند يا (از مكه ) اخراج كنند و نيرنگ مى زدند، و خدا تدبير مى كرد و خدا بهترين تدبير كنندگان است» (30 سوره انفال) و به اين ترتيب خداوند رسولش را از تصميم و توطئه آنان آگاه ساخت .    ليله المبيت رسول خدا صلى الله عليه و آله و سلم مأمور به هجرت و خروج از مكه شد و از على عليه السلام خواست كه در بستر او بخوابد تا فكر كنند، كه او در بستر است . على عليه السلام با كمال اخلاص قبول كرد و در بستر آن حضرت آرمید و نبی اکرم(ص) در شب پنجشنبه اول ماه ربيع (سال 14 بعثت ) از مکه خارج شد. كفار فكر مى كردند كه رسول الله صلى الله عليه و آله در فراش خوابيده است ، ولى آن حضرت در حالى سوره يس را تا فاغشيناهم فهم لايبصرون مى خواند، مشتى خاك بر آنها افكند و از ميان آنها گذشت و به هدايت جبرئيل به طرف كوه ثور رفت و در راه ابوبكر را ديد. او را نيز با خود برد داخل غار ثور گرديدند. چون صبح روشن شد، كفار به منزل حضرت حمله كرده و به طرف بسترش پيش رفتند، على عليه السلام از بستر بيرون جهيد و ايستاد، و فرمود: چه شده چرا اينجا ريخته ايد؟ گفتند: عموزاده ات محمد كو؟ فرمود: مگر مرا نگهبان او كرده بوديد؟ آيا نگفتيد از شهر ما بيرون شو؛ او هم رفت ديگر چه مى خواهيد.؟ شروع كردند به زدن او؛ ولى ابولهب نگذاشت او را زياد اذيت كنند. كفار به ابولهب گفتند: اين كار حيله تو بود كه نگذاشتى شب كارمان را انجام دهيم .    غار ثور مهاجمان ناکام و خشمگين بيکار ننشسته و به هر سو در جستجوی محمد درآمدند. در پاره‏ اى از روايات آمده كه در ميان قريش مردى بود ملقب به ‏«ابو كرز» كه از قبيله خزاعه بود و در شناختن رد پاى افراد مهارتى بسزا داشت از اين رو چند نفر به دنبال او رفته و از وى خواستند رد پاى محمد را بيابد. ابو كرز اثر قدمهاى رسول خدا (ص) را از در خانه آن حضرت نشان داد و به دنبال آن همچنان پيش رفتند تا جايى كه ابوبكر به آن حضرت ملحق شده بود (5) گفت: در اينجا ابى قحافه يا پسرش نيز به او ملحق شده! اينان به دنبال جاى پاها همچنان تا در غار پيش آمدند. از آن سو رسول خدا(ص) و ابوبكر در غار آرميده و از شكافى كه وارد شده بودند بيابان و صحرا را مى‏نگريستند و خداى تعالى براى گم شدن رد پاى رسول خدا(ص) عنكبوتى را مامور كرده بود تا بر در غار تار بتند، و كبكهايى را فرستاد تا آنجا تخم‏ بگذارند و به هر ترتيبى بود وقتى مشركين به در غار رسيدند، ابو كرز نگاه كرد ديد رد پاها قطع شده از اين رو همان جا ايستاد و گفت: محمد و رفيقش از اينجا نگذشته و داخل اين غار هم نشده ‏اند زيرا اگر به درون آن رفته بودند اين تارها پاره مى‏شد و اين تخم كبكها مى‏شكست، ديگر نمى‏دانم در اينجا يا به زمين فرو رفته ‏اند و يا به آسمان صعود كرده ‏اند! آن حضرت سه روز در غار ثور ماند و سپس از غار بيرون آمد مردى از چوپانان قريش را ديد كه ابن اريقط نام داشت. به او فرمود: آيا بر جانم، از تو ايمن باشم ؟ گفت: در آن صورت تو را حفظ كرده و كسى را از وضع تو مطلع نمى كنم يا محمد صلى الله عليه و آله اراده كجا را دارى؟ فرمود: مى خواهم به يثرب بروم گفت: به خدا تو را از راهى مى برم كه هيچ كس نداند. فرمود: برو به مكه و به على عليه السلام بشارت ده كه خدا مرا اجازت هجرت فرموده است براى من آذوقه و مركبى آماده كند. ابن اريقط به محضر على عليه السلام آمد و جريان را گفت: على عليه السلام براى حضرت خوراك راه و يك مركب فرستاد و ابن بهيره نيز خوراك و دو تا مركب را آورد. آنگاه حضرت به طرف يثرب حركت فرمود .ابن اريقط او را بر راه نخله از ميان كوهها برد. پيوسته بيراهه مى رفتند، تا در قديد به راه اصلى وارد شدند و تا در نزد ام معبد به استراحت پرداختند و اعجازى از آن حضرت در رابطه با شير گوسفند (ام معبد) ظاهر شد. سپس راه را به طرف يثرب ادامه دادند. اهل مدينه از آمدن رسول الله صلى الله عليه و آله وسلم مطلع بودند. چون روز مى شد مردان و زنان به استقبال آن حضرت مى رفتند و چون هواگرم مى شد برمى گشتند. «قباء»نام مکانی است در نزديكى مدينه كه فاصله‏اش تا شهر مدينه حدود دو فرسخ يا كمى بيشتر بوده و اكنون نيز مسجد بسيار زيبايى كه اساس آن را رسول خدا(ص)پى ريزى كرده است در آنجا وجود دارد و اطراف آن را باغهايى سرسبز فرا گرفته. روزى كه حضرت رسول(ص)وارد«قباء»شد نزديكيهاى ظهر بود و مردم‏«قبا»كه مايوس شده بودند به خانه‏ها رفتند اما يكى از يهوديان كه هنوز در جاى بلندى نشسته و سمت مكه را مى‏نگريست ناگهان چشمش به چند نفر افتاد كه از راه رسيدند و در زير درختى آرميدند، حدس زد كه افراد تازه وارد پيغمبر اسلام و همراهان او باشند از اين رو فرياد زد: اى فرزندان‏«قيله‏»آن كسى كه روزها به انتظارش بوديد وارد شد! در اينكه پيامبر گرامی (ص) چند روز در قباء توقف كرده اند؛ اختلافى در روايات هست. بسيارى گفته‏ اند سه روز در قباء بود تا على(ع)وفواطم (فاطمه دختر رسول خدا(ص)و فاطمه بنت اسد مادر آن بزرگوار و فاطمه دختر زبير) كه همراهش بودند به آن حضرت ملحق شده و سپس به سوى شهر مدينه حركت كرد و در پاره‏اى از روايات دوازده روز و پانزده روز نوشته‏اند و آنچه از نظر مورخين مسلم است اين مطلب است كه توقف آن حضرت بيشتر به خاطر آمدن على(ع) بود. روز جمعه آن حضرت ازقبا خارج شد و وقت ظهر به قبيله بنى سالم رسيد و سپس به طرف مدينه به راه افتادند.رسول گرامی اسلام (ص) در ميان استقبال پر شور مردم يثرب وارد اين شهر گرديد.ناقه حضرت در زمينی که متعلق به دو فرزند يتيم‏«عمرو» که نامشان سهل و سهيل بود خوابيد وتبديل به مکانی گرديد که امروزه زيارتگاه عاشقان آن حضرت می باشد.   مردم يثرب در ماه ذوالحجة در عقبه با پيامبر گرامی اسلام بيعت كردند، سه ماه بعد از آن ، رسولخدا صلى الله عليه و آله و سلم در شب اول ربيع الاول از مکه خارج و روز دوازدهم ربيع الاول وارد مدينه شدند كه بعدها مبداء تاريخ هجرى قمرى گرديد. تاسيس تاريخ براي مسلمانان در زمان خلافت خليفه دوم مسلمين و با مشورت علي (ع) در سال شانزدهم هجري صورت گرفته است؛ که مبدا تاريخ را هجرت پيامبر و ماه نخست آن را محرم، سالي كه هجرت روي داده بود قرار دادند.