«در روز اعدام شیخ، در میدان توپخانه هیاهو و جنجالی برپا بود. محکوم، فاصله میان محبس و محل اعدام را با خونسردی و متانت پیمود. نوری عصازنان، به‌آرامی و طمأنینه به طرف دار می‌رفت تا به نزدیک چهارپایه دار رسید...»
به گزارش ایسنا، روزنامه اعتماد نوشت: «شیخ فضل‌الله نوری مرجع تقلید نبود اما در پایتخت بالاترین مقام روحانیت را داشت و در ردیف بهبهانی و طباطبایی جای می‌گرفت. او از نظر معلومات و تبحر در علوم دینی بر هم‌ردیفان خود برتری داشت و در قدرت استدلال در میان طبقه خود بی‌نظیر بود. مشروطیت آنچنان که در کلام رقبایش گفته می‌شد برای او مکروه، جلوه‌گر شد و او آنها را دشمن خود پنداشت.
در جریان تشکیل مجلس برای تدوین قانون اساسی و متمم آن نقش فعالی داشت؛ تا جایی که توانست با پیشنهاد یک ماده مبنی بر نظارت پنج تن از علمای زمان بر مصوبات مجلس قدیمی در جهت اسلامی‌کردن قوانین مجلس گام بردارد. دیدگاه نوری تفکری بود که از قرن‌ها پیش وجه غالب اندیشه فقهی شیعه را تشکیل می‌داد. او اساسا هرگونه قوانین عرفی را که از اروپا رسیده بود منافی قواعد اسلام می‌دانست و معتقد بود جامعه ایران به دلیل ویژگی‌های خاص خود مستعد مجلس نیست و تا زمانی که این ویژگی‌ها باقی است از مجلس چیزی جز هرج و مرج عاید نخواهد شد.
او تصویب قانون با اکثریت آرا را غیر شرعی و منافی با اقرار به نبوت و خاتمیت و کمال دین می‌دانست.
پس از پیروزی انقلاب مشروطه و با مشاهده نفوذ جریان‌های روشنفکری در مجلس و رهبری انقلاب، شیخ فضل‌الله خواستار استقرار مشروطه مشروعه شد. به اعتقاد او انقلاب مشروطه از مواضع خود منحرف شده و عناصر مخالف اسلام در زیر لباس مشروطه‌خواهی قصد دارند اندیشه‌های غربی را جایگزین ارزش‌های اسلامی کنند.
فاتحان تهران پس از آن که توانستند بر قدرت تکیه زنند، بسیاری از مستبدین را به حال خود گذاردند و حتی آنان را به مناصب دولتی گماشتند. شاه را بدون محاکمه آزاد گذاشتند تا به روسیه پناه برد، اما چون وجود شیخ برای‌شان قابل تحمل نبود سراغ او رفتند. شیخ فضل‌الله از زمانی که حبس شد تا موقعی که اعدام شد تمام ساعات را با بردباری و خونسردی گذراند و راه عجز و ناله و توسل به این و آن را در پیش نگرفت و شخصیت خود را حفظ کرد.
روز ۹ مرداد ۱۲۸۸ عده‌ای از مجاهدین مسلح به فرماندهی یوسف‌خان ارمنی به خانه شیخ ریختند و در میان شیون و زاری و ناله اهل خانه، یوسف‌خان به سرعت داخل کتابخانه دوید و دست شیخ را گرفته کشان‌کشان بیرون آورد. او را در میدان توپخانه محبوس کردند.
اعضای محکمه انقلاب اکثرشان سران مجاهدین تندرو بودند و روسای معتدل و سرداران از حضور در محکمه سر باز زده بودند. تقریبا بیست نفر تماشاچی از مجاهد و غیر مجاهد نیز حضور داشتند. از ابتدای محاکمه از شیخ دائما از تحصن او در محل حضرت عبدالعظیم سوال می‌کردند که چرا رفتی، چرا آن حرف‌ها را زدی، پول از کجا می‌آوردی و از این قبیل چیزها.
شیخ ابراهیم زنجانی، یکی از مجتهدین، ادعانامه مفصلی را که ادعای مجرمیت شیخ را یدک می‌کشید، چنین قرائت کرد: «شیخ فضل‌الله بر طبق فتوا و حکم حجج اسلام نجف اشرف مفسد فی‌الارض است و باید طبق قوانین اسلام با او همان معامله‌ای را که خداوند راجع به مفسد فی‌الارض دستور داده، رفتار کرد.»
اعضای محکمه انقلابی پس از یک ساعت مشاوره با اتفاق رای می‌دهند که چون نوری قیام بر ضد حکومت ملی کرده و سبب قتل هزارها نفوس و خرابی بلاد و غارت و فساد گردیده و حجج اسلام نجف اشرف او را مفسدالارض تشخیص داده‌اند محکوم به اعدام است.
در روز اعدام شیخ، در میدان توپخانه هیاهو و جنجالی برپا بود. محکوم، فاصله میان محبس و محل اعدام را با خونسردی و متانت پیمود. نوری عصازنان، به‌آرامی و طمأنینه به طرف دار می‌رفت تا به نزدیک چهارپایه دار رسید. حدود ۱۰ دقیقه برای مردم صحبت کرد و چنین گفت: «خدایا تو شاهد باش که من آن چه باید بگویم، به این مردم گفتم. خدایا تو خودت شاهد باش که در این دم آخر باز به این مردم می‌گویم که موسسین این اساس لامذهبینی هستند که مردم را فریب داده‌اند.»
شیخ پس از این که حرف‌هایش تمام شد عمامه‌اش را از سرش برداشت و تکان‌تکان داد و گفت: «از سر من این عمامه را برداشتند، از سر همه برخواهند داشت.» دو نفر از مجاهدین طناب را به گردن محکوم انداختند. مایملک شیخ را هم از طرف کمیسیون جنگ به فرزندش شیخ مهدی دادند؛ حال آن که ظاهرا شیخ در حیات، او را از ارثیه محروم کرده بود.»