در ادامه نهضت مشروطه، پس از آن كه خواسته‏هاي علما و مردم در مورد تاسيس عدالت خانه و اجراي قوانين اسلام و... عملي نشد، علما تصميم گرفتند كه به قم مهاجرت نموده و در حرم حضرت معصومه(س) تحصن كنند. درنهايت در 24 تير 1285 ش برابر با 23 جمادي الاول 1324، حضرات آيات سيد محمدطباطبايي و سيد عبداللَّه بهبهاني در رأس يك گروه هزار نفري به سوي قم حركت كردند و مهاجرت كبري را شروع نمودند. همچنين شيخ فضل‏اللَّه نوري، سه روز بعد با فراهم آوردن جمعيت بسيار زياد، از تهران به قم هجرت نمود. اين مهاجرت، موجي از يك قيام در سراسر كشور ايجاد كرد و علماي بزرگ زمان از قبيل آقانجفي اصفهاني و آخوند ملاقربانعلي زنجاني از روحانيون مشهور و متنفذ اصفهان و زنجان، به اين تحصن پيوسته و روحانيون ساير شهرها با تلگراف‏هاي متعدد، در انجام خواسته متحصنين قم پافشاري نمودند. در جايي كه نهضت در اوج پيروزي قرار داشت و مظفرالدين شاه قاجار هم خواسته رهبران نهضت را پذيرفته بود، به واسطه دست‏هاي مرموزي كه در جريان بود، اولين انحراف نهضت آشكار شد و عده‏اي از مردم، ناآگاهانه به سفارت انگليس پناهنده شدند و در حياط سفارت تحصن كردند. تحصُّن بيش از بيست هزار نفر از مردم در سفارت انگلستان، هرچند در ظاهر به بهانه حفظ جان مردم صورت مي‏گرفت ولي در واقع نوعي تعدّي از احكام اسلامي بود كه استعمار پير به دنبال آن بود. اين انحراف بعدها تا آنجا كشيده شد كه شيخ فضل‏اللَّه را كه خود، از رهبران مشروطه به شمار مي‏رفت، به دليل مخالفت با مشروطه غيرمشروعه، به جوخه دار سپردند. سرانجام بر اثر فشار متحصنين، مظفرالدين شاه تمامي خواسته‏هاي آنان را پذيرفت و در 14 مرداد 1285ش، طي فرماني، ضمن عزل عين‏الدوله، صدر اعظم مستبد خود، دستور برگزاري انتخابات و تشكيل مجلس شورا را صادر كرد. در نهايت علما و مردم متحصن در قم، ده روز بعد از امضاي فرمان مشروطه، با احترام به تهران بازگشتند.