تحصیلات ابتدایی را در مکتب خانه فومن گذراند و در همان شهر به تحصیل مقدمات علوم اسلامی پرداخت. در سال ۱۳۴۸ ق. در سن چهارده سالگی به عراق رفت و در کربلا به تحصیل مشغول شد. پس از آن در سال ۱۳۵۲ ق. به نجف اشرف مهاجرت نمود و قسمت‌های پایانی سطح را زیر نظر اساتیدی چون مرتضی طالقانی به پایان رساند. وی درآنجا پس از درک محضر میرزای نائینی و آقا ضیاءالدین عراقی، به حوزه درسی محمدحسین غروی اصفهانی پیوست و علاوه بر این از محضر سید ابوالحسن اصفهانی و محمدکاظم شیرازی بهره برد. و علوم عقلی را نزد سید حسن بادکوبه‌ای فرا گرفت. در سنین ۱۷ یا ۱۸ سالگی در سلک شاگردان اخلاقی - عرفانی سیدعلی قاضی درآمد. بعد از پایان رسانیدن تحصیلات خود در سال ۱۳۲۴ ش. (۱۳۶۴ ق.) به ایران بازگشت چند ماهی را در فومن ماند و پس از تشکیل خانواده بر آن شد که دوباره به حوزهٔ علمیهٔ نجف برود. در راه قصد زیارت حرم حضرت فاطمه معصومه و اطلاع یافتن از وضعیت حوزهٔ قم را کرد؛ ولی در طول چند ماهی که در قم توقف کرده بود، خبر فوت استادان بزرگ نجف یکی پس از دیگری شنیده می‌شد، لذا او تصمیم گرفت که در شهر قم اقامت کند و در آنجا تحصیلات خود را با حضور در جلسات درس کوه کمری و بروجردی ادامه بدهد. پس از چند ماه اقامت در حوزه علمیه قم که نوپا بود، بنا به نقل مصباح یزدی، برجسته‌ترین شاگرد علمای دینی شد. آیت الله العظمی بهجت در ۲۷ اردیبهشت ۱۳۸۸ به علت ایست قلبی درگذشت. و پیکر ایشان در حرم حضرت فاطمه معصومه (س) به خاک سپرده شد.