دستور امام (ره) تحولی اساسی در سرنوشت عملیات خیبر ایجاد کرد و سپاه این بار هر آنچه در اختیار داشت، از فرماندهان سپاه گرفته تا باقیمانده سازمان یگان‌ها را وارد صحنه کرد.
به گزارش خبرگزاری مهر، به‌طورکلی اندیشه نظامی و دفاعی امام خمینی که ناشناخته‌ترین اندیشه سیاسی اجتماعی وی است، در ذیل آرای فقهی ایشان در خصوص سیاست و جامعه معنا می‌یابد. در اندیشه سیاسی و اجتماعی امام، اسلام به‌عنوان هدف نهایی مبنای شکل‌گیری جامعه و حکومت است و جنگ و دفاع باهدف حفظ جامعه و حکومت ضرورت دارد. لذا از این منظر دفاع و جنگ هیچ‌کدام به‌تنهایی کافی نیست و هر دو ضرورت دارند. به لحاظ جامعه‌شناختی، تبیین مدیریت نظامی امام در جنگ عراق با ایران مشکل است. این پرسش که امام خمینی در جنگ عراق با ایران چه نوع مدیریتی را در سطوح مختلف نظامی اعمال می‌کرده، پاسخ صریح و روشنی دریافت نکرده است. در کتاب «بررسی مواضع نظامی امام خمینی (ره) در جنگ ایران و عراق» که توسط دکتر رسول افضلی و امیر محسن زادگان تألیف شده، سعی شده تا در بررسی دیدگاه‌های صاحب‌نظران و رسانه‌ها در این خصوص، به این پرسش پاسخ داده است. در این بخش به نقش امام در پیشبرد اهداف نظامی عملیات خیبر می‌پردازیم.
عملیات خیبر در همان مرحله اول با موانع عمده‌ای مواجه شد که به گفته فرماندهان، فائق آمدن بر آن‌ها بدون لحاظ شدن تدابیر امام خمینی برای مقاومت عمده امکان‌پذیر نبود. در جریان این عملیات، با توقف پیشروی در محور طلائیه، وضعیت جدیدی پیش آمد و ازآن‌پس ایران باید قابلیت و توانایی خود را در حفظ جزایر تصرف‌شده نشان می‌داد؛ کاری که بسیار دشوار بود. باور عموم نیروها این بود که حفظ جزایر، یا عملی نیست یا بسیار دشوار است و باید بهای زیادی برای آن پرداخته شود. عراق توانسته بود نیروهای ایران را از محورهای العزیز، القرنه و طلائیه وادار به عقب‌نشینی کند و بیرون راندن نیروهای مستقر جزایر را نیز محتمل می‌دانست، به‌ویژه آنکه از لحاظ عقبه، آتش، دفاع ضدهوایی، زرهی و ضدزره و ده‌ها عامل دیگر بر نیروهای ایران برتری داشت.
پس از توقف درگیری در محور طلائیه، تا شروع حمله به جزایر حدود پنج روز جبهه‌ها حالت عادی داشت و دشمن تلاش خاصی از خود نشان نمی‌داد. امام در روز ۱۴ اسفند ۱۳۶۲ شخصاً به فرماندهان جنگ دستور داد که "جزایر حتی باید نگه داشته شوند؛ هر طور که شده. " این دستور تحولی اساسی در سرنوشت عملیات ایجاد کرد و سپاه این بار هر آنچه در اختیار داشت، از فرماندهان سپاه گرفته تا باقیمانده سازمان یگان‌ها را وارد صحنه کرد. از لحاظ روحیه و استقامت نیز توان سپاه دوچندان شد و همه، حفظ هدفی را که امام تعیین کرده بود، به بهای خون و جان خود در دستور کار قرار دادند.
هاشمی رفسنجانی درباره تأثیر این دستور امام که در واقع اولین دخالت مستقیم وی در اداره جنگ بود، خطاب به فرماندهان جنگ می‌گوید: «من خدمت امام عرض کردم و ایشان تأیید کردند که طوری برنامه‌ریزی کنید که در همین‌جا جنگ را تمام کنیم؛ چون این امر دیگر برای کشور قابل‌تحمل نیست.» «این امر امام است که شما در هر شرایط باید بروید جلو. ما اگر نتوانیم جزایر را حفظ کنیم و این هفت هشت کیلومتر را برویم جلو، دیگر نمی‌توانیم بجنگیم.»
دستور مستقیم امام عملاً انگیزه فرماندهان را تشدید کرد. محسن رضایی دراین‌باره گفت: «از جزیره بیرون نمی‌رویم؛ حتی اگر سازمان سپاه از بین برود.» آقای شمخانی نیز که قائم‌مقام فرمانده کل سپاه بود، به فرماندهان لشکرهای ۲۷ حضرت رسول گفت: «بروید جزایر را حفظ کنید. این دستور امام است و من خودم می‌آیم آر. پی. جی می‌زنم.»
مطابق پیش‌بینی امام و فرماندهان، پس از چند روز در ۱۶ اسفند ۱۳۶۲ عراق با اجرای آتش سنگین، بمباران وسیع هوایی و استفاده از هلی‌کوپتر، تانک و نیروهای پیاده، پاتک سنگینی را علیه جزایر جنوبی آغاز کرد. به گفته حاج احمد آقا، امام شخصاً و لحظه‌به‌لحظه وضعیت جبهه را زیر نظر داشت. اصرار امام به حفظ جزایر سبب شد که باوجود حجم گسترده آتش عراق و ضعف نیروهای خودی، فرماندهان جنگ این جزایر را به سمبل مقاومت تبدیل کنند. به روایت اسناد و شواهد، رزمندگان ایرانی تحت تأثیر دستور مستقیم امام، با گوشت و پوست و دادن خون خود، ماشین جنگی ارتش عراق را متوقف کردند. شهادت فرماندهانی چون حاج همت، یاغچیان، حمید باکری و اکبر زجاجی بهایی بود که برای حفظ جزایر پرداخته شد.
تدبیر امام درباره عملیات خیبر و اصرار وی بر مقاومت، پیامدهای مهمی در تقویت جبهه‌های ایران در دوره‌های بعد داشت. نتایج این عملیات همان‌طور که امام پیش‌بینی می‌کرد، ضمن ایجاد تزلزل در جبهه عراق، زمینه‌ساز اندیشه‌های جدید مقاومت در عملیات‌های بعدی شد.
امام به‌خوبی دریافته بود که با از دست دادن جزایر تصرف شده، کابوس شکست عملیات رمضان همچنان پابرجا می‌ماند و عراق با اتکا بر این اندیشه قادر خواهد شد عنان جنگ را به دست گیرد. تدبیر نظامی امام در عملیات خیبر درباره مقاومت در ازای هر چیز، باور و اطمینان ارتش عراق را متزلزل کرد؛ به‌طوری‌که فرماندهان ارتش عراق این مقاومت را ناباورانه توصیف کردند.