كتاب «تاريخ تفسير قرآن» از امور زير بحث می‌كند: 1. زمان پيدايش تفسير واستمرار وجود آن تاكنون؛ 2. ويژگی‌ زمان و دوره‌های مختلفی كه بر تفسير گذشته است؛ 3. تغييرات و تطوراتی كه در دوران‌های مختلف در تفسير پديد آمده است؛ 4. كتاب‌های تفسيری و مفسران معروف هر عصر.

بابايی در مقدمه كتاب می‌نويسد: آشنايی با تاريخ تفسير قرآن از جمله اموری است كه در تفسير صحيح قرآن و استفاده بهينه از تفسير مفسران نقش مؤثری و بسزايی دارد و تفسير قرآن نيز يكی از علوم ضروری و مهم است كه در حيات دنيوی و اخروی انسان‌ها تأثير گذار است و انسان بدون آن نمی‌تواند به هدف اعلا و كمال نهايی‌اش دست يابد، و از اين بيان نتيجه می‌گيريم كه اين بحث می‌تواند نقش مؤثری در سعادت و كمال انسان‌ها داشته باشد و از اين جهت دارای اهميت ويژه‌ای است.

مؤلف اين كتاب در مورد سابقه موضوع اين كتاب می‌نويسد: در موضوع «تاريخ تفسير»، كتابی مستقل كه همه مباحث تاريخ تفسير از قبيل زمان پيدايش تفسير و استمرار وجود آن، ويژگی‌های مفسران در دوره‌های مختلف و مكاتب و روش‌های تفسيری پديد آمده در هر عصر را بيان كرده باشد، نوشته نشده است و يا نگارنده از آن آگاهی ندارد. البته كتاب‌هايی مانند طبقات‌المفسرين سيوطی، طبقات‌المفسرين داوودی و كتاب‌های متعدد ديگر در معرفی اجمالی شماری از مفسران و كتاب‌های تفسيری نوشته شده است.

وی هم‌چنين می‌نويسد: تاريخ تفسير قرآن كريم، هم‌شناسايی زمان آغاز تفسير قرآن و زمان‌هايی كه تفسير قرآن در آن وجود داشته و دوره‌هايی را كه در آن گذشته است، در بردارد و هم شامل بيان تغييرات و تحولات كه در طول زمان بر آن رخ داده، و معرفی كتاب‌های تفسيری و مفسران كه در ارتباط با آن پديد آمده‌اند، است.

همان‌گونه كه سرگذشت هر كسی مجموعه وقايع و اموری را كه در ارتباط با آن پديد آمده، در بردارد، تاريخ تفسير قرآن كه سرگذشت آن است نيز مجموعه وقايع و اموری را كه از آن آغاز تاكنون پديد آمده است، در بردارد.

اين كتاب در 3 فصل ذيل تنظيم شده است، فصل اول با عنوان «تفسير درعصر رسالت» كه با سرفصل‌های ذيل را شامل می‌شود: عصر رسالت و آغاز تفسير، مفسران عصر رسالت، مآخذ تفسير در عصر رسالت، كتابت تفسير در عصر رسالت، آثار تفسيری عصر رسالت، ويژگی تفسيری در عصر رسالت.

فصل دوم كتاب با عنوان«تفسير در عصر حضور امام معصوم» در 3 بخش ذيل آمده است: 1) «مفسران عصر حضور» كه دارای بخش‌های ذيل است: الف) مفسران عصر حضور كه از معصومين در اين بخش نام‌ برده شده است، ب) مفسران صحابی، ج) مفسران تابعی و د) مفسران بعد از صحابی.

2) «آثار تفسيری عصر حضور» كه در 3 زير شاخه تقسيم می‌شود: الف. كتاب‌های موجود تفسيری ، ب. كتاب‌های مفقود تفسيری، ج. روايات و آرای پراكنده در كتاب‌های تفسری، 3) «مآخذ و مستندات، ويژگی‌ها و تطورات تفسيری در عصر حضور»، كه دارای 3 زيرشاخه است: الف. مآخذ و مستندات تفسير در عصر حضور، ب. ويژگی‌های تفسير در حضور، ج. تطورات كمی و كيفی تفسير در عصر حضور.

فصل سوم با عنوان «تفسير در عصر غيبت صغرا» كه در سه بخش تدوين شده است: 1.مفسران درغيبت صغری، 2. آثار تفسيری صغرا، 3. ويژگی‌ها و تحولات تفسير در عصر غيبت صغرا و در اين فصل تفاسير شيعه و سنی را مورد بررسی قرار داده است.