شهيد سيد مصطفي خميني فرزند امام خميني (ره) در سال 1309 در قم متولد شد. ايشان داراي استعداد فراواني بود؛ بطوريكه، در همان سنين جواني به درجه اجتهاد نائل شد. شهيد سیدمصطفي خميني از سال 1341 كه نهضت امام خميني آغاز شد، همواره در كنار امام و يار و همراه و مشاور حضرت امام بود . ايشان پس از جريان 15 خرداد و نيز بار ديگر پس از تبعيد حضرت امام، به علت اقدامات اعتراض‌آميز خود بر عليه رژيم شاه توسط ساواك دستگير شد و در نهايت نيز در 13 دي 1343 مأموران رژيم، به خانه او حمله كرده و ايشان را نيز به تركيه تبعيد كردند.
ايشان پس از ورود به نجف در كنار برنامه‌هاي درسي و علمي، مبارزه را در كنار حضرت امام ادامه دادند. در سال 48 به دنبال يك سلسله فعاليت عليه رژيم بعثي عراق، دستگير و به بغداد منتقل شدند.
سرانجام در نيمه شب اول آبان 1356، آيت‌الله سيد مصطفي خميني، به شكل مرموزانه‌اي به شهادت رسيد. شهادت ايشان، نهضت اسلامي ايران را جان تازه‌اي بخشيد و به شكل انقلابي فراگير درآمد که پس از 15 ماه منجر به سقوط رژيم پهلوي شد. شاید به همين جهت بود كه حضرت امام خميني (ره) ، شهادت ايشان را از الطاف خفيه الهي دانستند.