حضرت آيت‌الله‌العظمي خامنه‌اي رهبر معظم انقلاب پس از دريافت خبر درگذشت ايرج افشار فرمودند: ايرج افشار، ايران‌شناسي برجسته و پركار بود.
به گزارش پايگاه اطلاع‌رساني دفتر حفظ و نشر آثار مقام معظم رهبري، حضرت آيت‌الله‌العظمي خامنه‌اي اين جمله را درباره محقق، مورخ و كتاب‌شناس معروف مرحوم آقاي ايرج افشار، پس از دريافت خبر درگذشت وي فرمودند.
مرحوم افشار چند ماه پيش، در ديداري گرم و صميمي با رهبر معظم انقلاب، حضور يافته بود.
ايرج افشار كه مدتي بود از بيماري رنج مي‌برد، از شامگاه 12 اسفند در بخش مراقبت‌هاي ويژه بيمارستان جم بستري شد و مقارن با 18 اسفند 1389 در هشتادوپنج سالگي درگذشت.
افشار قرار بود در ماه سپتامبر 2011 در رشته تاريخ از دانشگاه اسكاتلند دكتراي افتخاري بگيرد.